PDB-3h5f: Switching the Chirality of the Metal Environment Alters the Coord...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h5f

タイトル

Switching the Chirality of the Metal Environment Alters the Coordination Mode in Designed Peptides.

要素

COIL SER L16L-Pen

キーワード

DE NOVO PROTEIN / DE-NOVO PROTEIN / PARALLEL THREE-STRANDED COILED COIL / L-PENICILLAMINE

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Peacock, A.F.A. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Switching the Chirality of the Metal Environment Alters the Coordination Mode in Designed Peptides.
著者: Peacock, A.F. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.

履歴

登録	2009年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2022年5月4日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h5f.cif.gz	33 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h5f.ent.gz	24.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/3h5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/3h5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h5gC 2jgoS 1coi 1cos S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ljm-d 1cos-d 3h5g-d 5u9u-d 2x6p-d 5k92-d 3pbj-2 1ij3-d 2wq2-1 2n9d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COIL SER L16L-Pen

B: COIL SER L16L-Pen

C: COIL SER L16L-Pen

ヘテロ分子

10.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.827, 29.244, 44.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.800, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-31- CL

#1: タンパク質・ペプチド	COIL SER L16L-Pen 分子量: 3353.903 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM MgCl2, 50% PEG 200, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: MAR CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 7121 / Num. obs: 7471 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 3.039 / Net I/σ(I): 40.189
反射シェル	解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.211 / Num. unique all: 748 / Χ²: 1.712 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	26.88 Å
Translation	2.5 Å	26.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2jgo

2jgo

解像度: 1.86→24.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.269 / WR_factor R_work: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.812 / SU B: 5.843 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / SU R_free: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	344	4.6 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.202	7465	98.26 %	-
all	-	7121	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.09 Å² / B_iso mean: 28.08 Å² / B_iso min: 13.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0.14 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→24.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	708	0	11	70	789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	762
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.62	1.984	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.825	5	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.394	27.812	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.585	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	736
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.13	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.193	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.181	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.199	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.195	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.248	1.5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.344	1.5	187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.465	2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.248	3	391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.898	4.5	305

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.905 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	36	-
R_work	0.166	507	-
all	-	543	-
obs	-	-	98.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	40.2273	-2.5617	-28.7773	8.0746	1.0974	21.3664	0.5588	-0.6535	-0.084	-0.0923	-0.17	0.3052	-0.4088	0.1243	-0.3888	-0.0023	0.0027	-0.0109	0.1361	0.0058	0.0339	-3.219	5.3415	14.1526
2	54.8569	-8.7986	-37.6426	6.5249	5.5552	26.8526	0.2781	-0.189	0.6483	-0.1295	0.0878	0.1029	-0.3702	-0.5867	-0.3658	0.0223	-0.0017	0.0104	-0.0013	0.0087	0.0379	10.5891	3.0391	3.235
3	24.7206	1.7309	1.0629	12.48	6.6134	24.3944	-0.346	-0.5664	-0.3767	0.0099	0.0809	-0.1292	0.4246	0.6593	0.2651	0.0317	0.0211	0.0184	-0.0926	0.0351	0.0714	20.6319	-1.0484	-2.1576
4	74.7337	19.3165	-24.6072	5.2834	-9.2913	37.6592	0.368	1.6573	0.0266	-0.8135	0.6979	0.3066	-2.0141	-1.6932	-1.0659	0.1045	0.0667	0.0392	0.0908	0.0781	0.0125	-4.3052	-3.5596	22.1932
5	31.8005	9.8751	-18.6738	4.3611	-5.2049	12.8088	0.2065	-0.9632	0.2607	0.2003	-0.0894	0.0964	-0.2386	-0.0617	-0.1171	0.0447	-0.0653	0.0024	0.0776	0.0473	0.0678	8.0349	-0.5914	17.3435
6	27.5779	10.2479	-9.7655	14.8589	-1.2928	18.7122	-0.1422	0.2938	-0.3579	-0.0893	-0.2572	-0.3973	0.0904	0.0011	0.3993	0.0235	-0.0283	0.0011	-0.1094	-0.0031	0.0343	23.9451	3.6688	8.2966
7	55.9195	-4.0077	-11.9309	0.2887	0.8374	2.756	-0.2924	0.0372	-0.4824	0.0562	-0.0016	-0.03	0.2897	-0.1246	0.294	0.0518	-0.0238	0.0268	0.0694	-0.0175	0.077	0.181	-5.591	10.1193
8	12.7865	-14.728	1.7182	20.9532	6.4106	18.4907	-0.5014	0.19	-0.1022	0.59	0.7232	1.0254	0.5576	-0.1256	-0.2218	0.0326	0.013	0.03	-0.0914	0.0039	0.1106	17.755	-7.0692	7.418
9	41.7007	9.0377	-3.321	35.3437	-10.0822	14.8128	0.3975	-0.4718	0.3585	0.5518	-0.6104	-0.0316	-0.012	0.5154	0.2128	0.0066	-0.0038	-0.0297	-0.0436	0.0115	0.0641	25.5615	-7.248	5.9531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	23 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	6 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 19
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	20 - 23
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	24 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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