ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | AMoRE | | 位相決定 | | REFMAC | 5.5.0070精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KTB 解像度: 2.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.73 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.194 | 3916 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.161 | - | - | - |
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obs | 0.163 | 77775 | 99.5 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 107.76 Å2 / Biso mean: 29.358 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.78 Å2 | 0 Å2 | 3.62 Å2 |
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2- | - | -1.85 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.84 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.124 Å | 0.133 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→50 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 6162 | 0 | 339 | 735 | 7236 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.007 | 0.022 | 6714 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.048 | 2.005 | 9137 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.598 | 5 | 778 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.706 | 24.086 | 301 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.364 | 15 | 1041 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.136 | 15 | 40 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.072 | 0.2 | 1002 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.021 | 4980 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it2.079 | 8 | 3876 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it2.952 | 12 | 6251 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.947 | 8 | 2838 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.299 | 12 | 2886 | | | | | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION Ens-ID | Auth asym-ID | 数 | タイプ | Rms dev position (Å) | Weight position |
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1 | A2305 | MEDIUM POSITIONAL0.17 | 0.5 | 1 | A2305 | MEDIUM THERMAL2.13 | 10 | 2 | B746 | MEDIUM POSITIONAL0.24 | 0.5 | 2 | B746 | MEDIUM THERMAL2.21 | 10 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.01→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.282 | 290 | - |
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Rwork | 0.259 | 5069 | - |
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all | - | 5359 | - |
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obs | - | - | 93.44 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9469 | 0.1692 | -0.2415 | 0.5494 | -0.1431 | 0.3716 | 0.0497 | -0.0038 | 0.1092 | 0.0251 | 0.025 | -0.0338 | -0.0385 | 0.0351 | -0.0748 | 0.0377 | -0.0033 | 0.0185 | 0.0152 | -0.0109 | 0.0322 | 56.4433 | -1.1442 | 9.9794 | 2 | 1.1474 | -0.1637 | -0.0528 | 0.9985 | -0.3138 | 0.4047 | 0.0699 | 0.1082 | 0.2139 | 0.0593 | 0.1298 | 0.3061 | -0.1077 | -0.1483 | -0.1997 | 0.0473 | 0.038 | 0.0603 | 0.0643 | 0.0952 | 0.1772 | 25.7723 | 3.3886 | 10.8318 | 3 | 1.0388 | 0.3481 | -0.4573 | 1.053 | -0.4317 | 0.5144 | -0.072 | 0.0858 | -0.0357 | 0.0516 | 0.1612 | 0.271 | 0.0448 | -0.0846 | -0.0892 | 0.0455 | -0.0053 | 0.0163 | 0.0372 | 0.0469 | 0.096 | 21.7222 | -31.5967 | 21.6606 | 4 | 1.2526 | 0.3092 | -0.3859 | 1.1062 | -0.2683 | 0.6482 | -0.1074 | -0.0439 | -0.3085 | -0.0265 | -0.0297 | -0.2603 | 0.165 | 0.1351 | 0.1371 | 0.0566 | 0.0368 | 0.0285 | 0.0319 | 0.0216 | 0.123 | 51.1721 | -37.132 | 16.1906 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A18 - 310 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | A311 - 404 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | B18 - 310 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | B311 - 404 | | | | |
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