PDB-3h4q: Crystal structure of putative acetyltransferase (NP_371943.1) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4q

タイトル

Crystal structure of putative acetyltransferase (NP_371943.1) from STAPHYLOCOCCUS AUREUS MU50 at 2.50 A resolution

要素

putative acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / NP_371943.1 / putative acetyltransferase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative acetyltransferase (NP_371943.1) from STAPHYLOCOCCUS AUREUS MU50 at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h4q.cif.gz	47.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h4q.ent.gz	31.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h4q_validation.pdf.gz	641.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h4q_full_validation.pdf.gz	644.1 KB	表示
XML形式データ	3h4q_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	3h4q_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pd7-2 1wrm-d 3hji-2 6cny-2 5ur7-d 2pd8-2 6lot-d 1zzw-2 4rdo-6 6u65-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 378017

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative acetyltransferase

ヘテロ分子

22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.489, 84.489, 69.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-173- HOH

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT A MONOMER IS THE STABLE OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

#1: タンパク質	putative acetyltransferase 分子量: 22416.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: NP_371943.1, SAV1419 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q99U68, UniProt: A0A0H3JZG0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.93 詳細: 32.5000% polyethylene glycol 600, 5.0000% polyethylene glycol 1000, 10.0000% Glycerol, 0.1M MES pH 5.93, Additive: 0.001 M acetyl Coenzyme A, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97949,0.97964

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月16日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97949	1
3	0.97964	1

反射

解像度: 2.5→27.661 Å / Num. obs: 10262 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 71.685 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 9.491

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	5.6	0.779	1	4064	732	0.779	100
2.56-2.64	5.5	0.648	1.2	4020	730	0.648	100
2.64-2.71	5.5	0.542	1.4	3889	708	0.542	100
2.71-2.8	5.5	0.373	2	3804	686	0.373	100
2.8-2.89	5.5	0.274	2.8	3733	678	0.274	100
2.89-2.99	5.5	0.219	3.5	3467	627	0.219	100
2.99-3.1	5.5	0.162	4.7	3553	643	0.162	100
3.1-3.23	5.5	0.133	5.6	3305	602	0.133	100
3.23-3.37	5.5	0.087	8.5	3146	577	0.087	100
3.37-3.54	5.5	0.068	10.5	3069	558	0.068	100
3.54-3.73	5.5	0.061	10.2	2837	518	0.061	100
3.73-3.95	5.4	0.054	11.4	2801	515	0.054	100
3.95-4.23	5.5	0.05	11.1	2597	476	0.05	100
4.23-4.56	5.4	0.04	15	2386	441	0.04	100
4.56-5	5.4	0.034	18.3	2230	415	0.034	100
5-5.59	5.4	0.032	19.5	2001	373	0.032	100
5.59-6.45	5.3	0.04	15	1763	335	0.04	100
6.45-7.91	5.1	0.039	16.2	1457	284	0.039	100
7.91-11.18	5	0.026	24.1	1168	233	0.026	100
11.18-27.66	4.4	0.033	17.7	578	131	0.033	94.5

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→27.661 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU B: 12.76 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.226
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	492	4.8 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.22	10246	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.78 Å² / B_iso mean: 53.645 Å² / B_iso min: 27.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.54 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.661 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1120	0	26	21	1167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.959	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.044	3	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.631	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.353	23.585	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.079	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.405	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.3	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.3	798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.119	0.3	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.234	0.3	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.224	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.802	3	796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.325	3	300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.863	5	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.243	8	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.357	11	462

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	35	-
R_work	0.355	697	-
all	-	732	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 56.0958 Å / Origin y: 22.3972 Å / Origin z: 8.1786 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0845 Å²	-0.0574 Å²	-0.0354 Å²	-	-0.0706 Å²	-0.0276 Å²	-	-	-0.056 Å²
L	5.4469 °²	1.3427 °²	0.8046 °²	-	7.1252 °²	2.7321 °²	-	-	5.4704 °²
S	0.0572 Å °	-0.0829 Å °	-0.6861 Å °	0.143 Å °	0.0889 Å °	0.1554 Å °	0.5488 Å °	-0.2846 Å °	-0.146 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	159 - 168

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関連情報:EMDBヘッダ

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