PDB-3h4e: X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h4e

タイトル

X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA

要素

Capsid protein p24

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein / hexamer / engineered disulfide bonds

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Retrovirus capsid C-terminal domain / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Pornillos, O.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: X-ray structures of the hexameric building block of the HIV capsid.
著者: Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Kelly, B.N. / Hua, Y. / Whitby, F.G. / Stout, C.D. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. / Yeager, M.

履歴

登録	2009年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h4e.cif.gz	467.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h4e.ent.gz	387.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/3h4e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gv2C 3h47SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bht-2 4u0d-1 5tsx-1 6erm-1 5tsx-2 6r8c-1 4u0d-2 5hgm-1 5hgl-d 4xrq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Capsid protein p24

B: Capsid protein p24

C: Capsid protein p24

D: Capsid protein p24

E: Capsid protein p24

F: Capsid protein p24

G: Capsid protein p24

H: Capsid protein p24

I: Capsid protein p24

J: Capsid protein p24

K: Capsid protein p24

L: Capsid protein p24

306 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Capsid protein p24

B: Capsid protein p24

C: Capsid protein p24

D: Capsid protein p24

E: Capsid protein p24

F: Capsid protein p24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Capsid protein p24

H: Capsid protein p24

I: Capsid protein p24

J: Capsid protein p24

K: Capsid protein p24

L: Capsid protein p24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	136.062, 136.657, 208.454
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain E resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	E
2	1	1	chain B resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	B
3	1	1	chain C resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	C
4	1	1	chain D resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	D
5	1	1	chain A resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	A
6	1	1	chain F resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	F
7	1	1	chain G resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	G
8	1	1	chain H resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	H
9	1	1	chain I resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	I
10	1	1	chain J resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	J
11	1	1	chain K resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	K
12	1	1	chain L resseq 1:3 or resseq 11-12 or (resseq 13...	L
1	1	2	chain A resseq 116:125	A
2	1	2	chain B resseq 116:125	B
3	1	2	chain C resseq 116:125	C
4	1	2	chain D resseq 116:125	D
5	1	2	chain E resseq 116:125	E
6	1	2	chain F resseq 116:125	F
7	1	2	chain G resseq 116:125	G
8	1	2	chain H resseq 116:125	H
9	1	2	chain I resseq 116:125	I
10	1	2	chain J resseq 116:125	J
11	1	2	chain K resseq 116:125	K
12	1	2	chain L resseq 116:125	L
1	1	3	chain E resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	E
2	1	3	chain A resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	A
3	1	3	chain B resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	B
4	1	3	chain C resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	C
5	1	3	chain D resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	D
6	1	3	chain F resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	F
7	1	3	chain G resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	G
8	1	3	chain H resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	H
9	1	3	chain I resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	I
10	1	3	chain J resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	J
11	1	3	chain K resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	K
12	1	3	chain L resseq 149:153 or (resseq 154 and backbone) or...	L
1	1	4	chain E resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	E
2	1	4	chain F resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	F
3	1	4	chain G resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	G
4	1	4	chain H resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	H
5	1	4	chain I resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	I
6	1	4	chain J resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	J
7	1	4	chain K resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	K
8	1	4	chain L resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	L
9	1	4	chain A resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	A
10	1	4	chain B resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	B
11	1	4	chain C resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	C
12	1	4	chain D resseq 190:191 or (resseq 192 and backbone) or...	D
1	1	5	chain E resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	E
2	1	5	chain A resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	A
3	1	5	chain B resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	B
4	1	5	chain C resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	C
5	1	5	chain D resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	D
6	1	5	chain F resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	F
7	1	5	chain G resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	G
8	1	5	chain H resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	H
9	1	5	chain I resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	I
10	1	5	chain J resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	J
11	1	5	chain K resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	K
12	1	5	chain L resseq 206:218 or (resseq 219 and backbone)	L
1	1	6	chain C (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	C
2	1	6	chain A (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	A
3	1	6	chain B (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	B
4	1	6	chain D (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	D
5	1	6	chain E (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	E
6	1	6	chain F (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	F
7	1	6	chain G (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	G
8	1	6	chain H (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	H
9	1	6	chain I (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	I
10	1	6	chain J (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	J
11	1	6	chain K (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	K
12	1	6	chain L (resseq 4 and backbone) or resseq 5 or (resseq 6:10 and backbone)	L
1	1	7	chain C resseq 175:189	C
2	1	7	chain J resseq 175:189	J
1	1	8	chain B resseq 175:189	B
2	1	8	chain I resseq 175:189	I
1	1	9	chain D resseq 175:189	D
2	1	9	chain K resseq 175:189	K
1	1	10	chain L resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	L
2	1	10	chain A resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	A
3	1	10	chain E resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	E
4	1	10	chain F resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	F
5	1	10	chain G resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	G
6	1	10	chain H resseq 175:181 or (resseq 182 and backbone) or resseq 183:189	H

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Capsid protein p24 / CA 分子量: 25461.271 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: A14C,E45C,W184A,M185A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: CA, gag-pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12497
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Capsid protein p24 / CA

分子量: 25461.271 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: A14C,E45C,W184A,M185A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3 / 遺伝子: CA, gag-pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12497

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-12% PEG 8,000, 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9773 Å
検出器	日付: 2008年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9773 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 102201

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H47

3h47

解像度: 2.704→34.742 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2632	2565	2.51 %	Thin shell
R_work	0.2385	-	-	-
obs	0.2391	102181	95.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.268 Å² / k_sol: 0.301 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→34.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19082	0	0	0	19082

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	E	825	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	825	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	3	C	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.101
1	4	D	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.117
1	5	A	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.12
1	6	F	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.109
1	7	G	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
1	8	H	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	9	I	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
1	10	J	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.11
1	11	K	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.111
1	12	L	837	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.095
2	1	A	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
2	3	C	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
2	4	D	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
2	5	E	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.103
2	6	F	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
2	7	G	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.092
2	8	H	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
2	9	I	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.081
2	10	J	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
2	11	K	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.091
2	12	L	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.083
3	1	E	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	A	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.077
3	3	B	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
3	4	C	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
3	5	D	205	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
3	6	F	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
3	7	G	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086
3	8	H	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.089
3	9	I	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.112
3	10	J	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
3	11	K	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.101
3	12	L	208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
4	1	E	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	F	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
4	3	G	94	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
4	4	H	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
4	5	I	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
4	6	J	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.099
4	7	K	90	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.102
4	8	L	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
4	9	A	95	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
4	10	B	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.081
4	11	C	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
4	12	D	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
5	1	E	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	A	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
5	3	B	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
5	4	C	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
5	5	D	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.069
5	6	F	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
5	7	G	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
5	8	H	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
5	9	I	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.084
5	10	J	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
5	11	K	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.074
5	12	L	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
6	1	C	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
6	3	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.127
6	4	D	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.146
6	5	E	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.072
6	6	F	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.149
6	7	G	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
6	8	H	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.1
6	9	I	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09
6	10	J	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.132
6	11	K	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
6	12	L	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
7	1	C	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	J	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
8	1	B	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	I	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
9	1	D	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	K	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
10	1	L	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	A	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
10	3	E	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
10	4	F	96	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.074
10	5	G	87	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.078
10	6	H	28	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.704-2.7561	0.3342	171	0.313	4871	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7561-2.8124	0.3217	171	0.2846	5485	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8124-2.8735		0	0.2801	5726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8735-2.9403	0.319	171	0.2759	5519	X-RAY DIFFRACTION	98
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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