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万見
- PDB-3h3q: Crystal structure of the CERT START domain in complex with HPA-13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3q
タイトルCrystal structure of the CERT START domain in complex with HPA-13
要素Goodpasture antigen binding protein
キーワードLIPID TRANSPORT / LIPID TRANSFER PROTEIN / CERT / CERAMIDE TRANSFER / Collagen
機能・相同性
機能・相同性情報


intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / ceramide metabolic process / Sphingolipid de novo biosynthesis ...intermembrane sphingolipid transfer / ceramide transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / ceramide 1-phosphate transfer activity / ER to Golgi ceramide transport / ceramide binding / intermembrane lipid transfer / ceramide metabolic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / endoplasmic reticulum organization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / lipid homeostasis / heart morphogenesis / response to endoplasmic reticulum stress / mitochondrion organization / muscle contraction / cell morphogenesis / kinase activity / in utero embryonic development / cell population proliferation / immune response / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
STARD11, START domain / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / PH domain / PH domain profile. ...STARD11, START domain / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H13 / Ceramide transfer protein / Ceramide transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kudo, N. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of the CERT START domain with inhibitors provide insights into the mechanism of ceramide transfer.
著者: Kudo, N. / Kumagai, K. / Matsubara, R. / Kobayashi, S. / Hanada, K. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
履歴
登録2009年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Goodpasture antigen binding protein
B: Goodpasture antigen binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6194
ポリマ－57,8642
非ポリマー7552
水1,17165
1
A: Goodpasture antigen binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3092
ポリマ－28,9321
非ポリマー3781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Goodpasture antigen binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3092
ポリマ－28,9321
非ポリマー3781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.480, 74.706, 77.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Goodpasture antigen binding protein / cDNA FLJ77923 / highly similar to Homo sapiens collagen / type IV / alpha 3 (Goodpasture antigen) ...cDNA FLJ77923 / highly similar to Homo sapiens collagen / type IV / alpha 3 (Goodpasture antigen) binding protein / COL4A3BP / transcript variant 2 / mRNA / Collagen / type IV / alpha 3 (Goodpasture antigen) binding protein / isoform CRA_a


分子量: 28931.764 Da / 分子数: 2 / 断片: CERT START DOMAIN (RESIDUES 347-598) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CERT, COL4A3BP, hCG_18817 / プラスミド: PGEX-5X1 (MODIFIED) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA / 参照: UniProt: A8K7S2, UniProt: Q9Y5P4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-H13 / N-[(1R,3R)-3-hydroxy-1-(hydroxymethyl)-3-phenylpropyl]tridecanamide


分子量: 377.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H39NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32043 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Num. unique all: 2326 / % possible all: 73.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.341 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.776
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å41.45 Å
Translation3 Å41.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E3N

2e3n


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 5.562 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1507 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.219 30090 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.74 Å2 / Biso mean: 36.067 Å2 / Biso min: 18.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å20.47 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 54 65 3901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9435335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8795468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04824.346191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8515650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.211526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8991.52352
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66923845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.50431572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0674.51490
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 86 -
Rwork0.264 1580 -
all-1666 -
obs--71.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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