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万見
- PDB-3h3m: Crystal structure of flagellar protein FliT from Bordetella bronc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3m
タイトルCrystal structure of flagellar protein FliT from Bordetella bronchiseptica
要素Flagellar protein FliT
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Flagellum
機能・相同性
機能・相同性情報


Flagellar protein flit. / Flagellar protein FliT / Flagellar protein FliT / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UNKNOWN / Flagellar protein FliT / Flagellar protein FliT
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Le, B. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of flagellar protein FliT from Bordetella bronchiseptica
著者: Shumilin, I.A. / Wang, S. / Chruszcz, M. / Xu, X. / Le, B. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar protein FliT
B: Flagellar protein FliT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7283
ポリマ－28,6252
非ポリマー1031
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.751, 67.751, 82.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Flagellar protein FliT


分子量: 14312.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB2593, fliT / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold (de3) / 参照: UniProt: Q7WJA6, UniProt: A0A0H3LVQ9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UNK / UNKNOWN / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE,30% PEG 2K MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月7日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.4 Å / Num. obs: 6894 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 46.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 18.939
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.5.0089精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 21.502 / SU ML: 0.225 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.566 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 326 4.7 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.225 6875 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 0 1 10 1306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6511.9891779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02932101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0685168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44323.92956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.30715220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.3521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8711.5853
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1451.5342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67521353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7263457
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1384.5426
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 21 -
Rwork0.229 469 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7956-0.30531.02070.5766-0.37731.84450.2444-0.0242-0.39520.1505-0.120.17330.3953-0.408-0.12430.3057-0.02890.00240.3881-0.06270.34634.2847.54742.809
213.32335.6346-6.28567.6278-3.20136.2290.4062-0.38790.66740.3173-0.05080.3861-0.4516-0.2711-0.35540.20670.086-0.03440.2923-0.01640.170233.08958.53943.648
35.20381.17150.78213.8562-0.49582.06560.0924-0.69020.54320.323-0.25530.1673-0.39810.03380.16290.31790.0355-0.07570.3856-0.03810.300427.24364.16336.919
414.60553.1767-3.70592.3938-0.73073.66830.28690.3678-0.04430.0579-0.12940.01820.0474-0.2022-0.15740.1570.0154-0.02570.10820.0060.100831.57554.59835.079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3B19 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4B69 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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