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万見
- PDB-3h3d: Drosophila Pumilio RNA binding domain (Puf domain) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h3d
タイトルDrosophila Pumilio RNA binding domain (Puf domain)
要素Maternal protein pumilio
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Pumilio / Puf / RNA binding domain / Alternative splicing / Cytoplasm / Developmental protein / Phosphoprotein / Repressor / RNA-binding / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


type Is terminal bouton / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / type Ib terminal bouton / head involution / : / muscle cell postsynaptic specialization / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / CCR4-NOT complex binding / post-transcriptional gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule ...type Is terminal bouton / positive regulation of deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / type Ib terminal bouton / head involution / : / muscle cell postsynaptic specialization / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / CCR4-NOT complex binding / post-transcriptional gene silencing / neuronal ribonucleoprotein granule / anterior/posterior axis specification, embryo / behavioral response to ethanol / miRNA processing / sequence-specific mRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / dendrite morphogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / oogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / germ cell development / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of cell cycle / long-term memory / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / cell migration / nuclear envelope / mitotic cell cycle / postsynapse / chemical synaptic transmission / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Maternal protein pumilio
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Edwards, T.A. / Aggarwal, A.K. / Wharton, R.P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Structure of Pumilio reveals similarity between RNA and peptide binding motifs.
著者: Edwards, T.A. / Pyle, S.E. / Wharton, R.P. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Maternal protein pumilio
Y: Maternal protein pumilio


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0232
ポリマ－74,0232
非ポリマー00
水6,035335
1
X: Maternal protein pumilio


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0111
ポリマ－37,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
Y: Maternal protein pumilio


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0111
ポリマ－37,0111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.580, 94.580, 229.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Maternal protein pumilio


分子量: 37011.402 Da / 分子数: 2 / 断片: Puf domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: pumilio / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25822
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THESE SEQUENCE IS GENBANK DATABASE, CAA44474. SEE REFERENCE 1 IN UNP DATABASE P25822.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.0269.43
2
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 2.1M Ammonium sulfate, 100mM HEPES, 4% DMSO, 2mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21102
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1
シンクロトロンNSLS X2521.009, 1.0084, 0.990
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2000年6月1日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2000年6月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.0091
31.00841
40.991
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 51334 / Num. obs: 49178 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 41.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4917 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 73.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: none

解像度: 2.3→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.394 / SU ML: 0.185 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 2440 5 %RANDOM
Rwork0.252 ---
all0.254 49217 --
obs0.254 48553 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.97 Å2 / Biso mean: 44.222 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å2-0.41 Å2-0 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 0 335 5344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0225097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.611.9436883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3665625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.55925.469256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.70215945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6851521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.22650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.23453
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6341.53265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.44325054
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.01632084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9084.51828
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 114 -
Rwork0.28 2303 -
all-2417 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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