PDB-3h37: The structure of CCA-adding enzyme apo form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h37

タイトル

The structure of CCA-adding enzyme apo form I

要素

TRNA nucleotidyl transferase-related protein

キーワード

TRANSFERASE / TRANSFERASE/RNA / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / RNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA processing / nucleotidyltransferase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Toh, Y. / Tomita, K.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Mechanism for the definition of elongation and termination by the class II CCA-adding enzyme
著者: Toh, Y. / Takeshita, D. / Numata, T. / Fukai, S. / Nureki, O. / Tomita, K.

履歴

登録	2009年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h37.cif.gz	356.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h37.ent.gz	297.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/3h37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3h38C 3h39C 3h3aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h3a-d 3h39-d 7ca5-d 3s2g-2 6wiv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: TRNA nucleotidyl transferase-related protein

B: TRNA nucleotidyl transferase-related protein

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: TRNA nucleotidyl transferase-related protein

ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: TRNA nucleotidyl transferase-related protein

ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.569, 62.738, 152.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	TRNA nucleotidyl transferase-related protein / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA adenyl-/cytidyl-transferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA-NT 分子量: 51999.562 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 437-863 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WZH4, EC: 2.7.7.25
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 20% ethylene glycol, 0.05M Tris-Cl pH8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97940, 0.97952, 0.98200

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月7日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97952	1
3	0.982	1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 40434 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 79.6 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 40.2

反射シェル

解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1831 / R_sym value: 0.232 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.85→48.644 Å / SU ML: 0.96 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2665	3802	5.02 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
obs	0.2319	40424	94.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 83.117 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6872	0	0	36	6908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.31
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8491-2.8852	0.3639	125	0.3436	2170	X-RAY DIFFRACTION	79
2.8852-2.9231	0.3712	150	0.3261	2330	X-RAY DIFFRACTION	85
2.9231-2.9632	0.4283	119	0.3152	2542	X-RAY DIFFRACTION	88
2.9632-3.0055	0.3541	120	0.3133	2527	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0055-3.0503	0.3434	165	0.317	2571	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0503-3.098	0.3119	121	0.294	2508	X-RAY DIFFRACTION	92
3.098-3.1488	0.3239	142	0.3012	2705	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1488-3.2031	0.351	145	0.2909	2569	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2031-3.2613	0.3308	138	0.2822	2701	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2613-3.324	0.3037	137	0.2657	2741	X-RAY DIFFRACTION	95
3.324-3.3919	0.3666	125	0.2646	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3919-3.4656	0.3248	158	0.2562	2776	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4656-3.5462	0.297	121	0.2514	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5462-3.6348	0.2857	147	0.2429	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6348-3.7331	0.2711	151	0.2461	2772	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7331-3.8429	0.267	146	0.2439	2760	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8429-3.9669	0.2461	127	0.2262	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9669-4.1086	0.2817	131	0.2218	2787	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1086-4.273	0.2868	156	0.2016	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
4.273-4.4673	0.2211	145	0.19	2810	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4673-4.7027	0.2231	164	0.1708	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7027-4.997	0.248	139	0.1795	2822	X-RAY DIFFRACTION	99
4.997-5.3824	0.1893	137	0.1825	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3824-5.9232	0.2538	138	0.2026	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9232-6.7783	0.2455	133	0.2241	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7783-8.5325	0.2454	146	0.2062	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
8.5325-48.6506	0.2106	176	0.2054	2407	X-RAY DIFFRACTION	87

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)