PDB-3h0g: RNA Polymerase II from Schizosaccharomyces pombe

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h0g

タイトル

RNA Polymerase II from Schizosaccharomyces pombe

要素

(DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
(DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5

キーワード

TRANSCRIPTION / Multi-protein complex / Polymerase / DNA-binding / DNA-directed RNA polymerase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus / Phosphoprotein / Transferase / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II, holoenzyme / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / Transcriptional regulation by small RNAs / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of septum digestion after cytokinesis / DNA-templated transcription elongation / termination of RNA polymerase II transcription / : / : / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

Gyrase A; domain 2 - #140 / RNA polymerase ii / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 ...Gyrase A; domain 2 - #140 / RNA polymerase ii / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.65 Å

データ登録者

Spahr, H. / Calero, G. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Schizosacharomyces pombe RNA polymerase II at 3.6-A resolution.
著者: Spahr, H. / Calero, G. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D.

履歴

登録	2009年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年6月10日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h0g.cif.gz	3.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h0g.ent.gz	2.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3h0g_validation.pdf.gz	734.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h0g_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3h0g_validation.xml.gz	440.9 KB	表示
CIF形式データ	3h0g_validation.cif.gz	565.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wcmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wcm-d 3fki-d 2r92-d 4a3l-d 5x4z-2 3j0k-d 4a3b-d 5u5q-d 4a3i-d 2ja8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (57) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (70) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (67) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2)

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「今月の分子」の関連する項目

#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (57)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (70)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (67)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

D: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

G: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

M: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

N: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

O: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

P: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4

Q: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

R: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

S: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

T: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

U: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

V: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

W: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

X: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

ヘテロ分子

996 kDa, 24 ポリマー
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1

A: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

D: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

G: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
498 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1

N: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

O: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

P: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4

Q: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

R: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

S: DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7

T: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

U: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

V: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

W: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

X: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
498 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.034, 202.684, 391.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	THR	THR	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	3 - 127	3 - 127
1	2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	132 - 151	132 - 151
1	3	1	GLY	GLY	TRP	TRP	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	174 - 193	174 - 193
1	4	1	GLU	GLU	SER	SER	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	212 - 257	212 - 257
1	5	1	SER	SER	THR	THR	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	262 - 1086	262 - 1086
1	6	1	SER	SER	VAL	VAL	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	1093 - 1149	1093 - 1149
1	7	1	PHE	PHE	TYR	TYR	chain A and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	A	A	1265 - 1459	1265 - 1459
2	1	1	GLY	GLY	THR	THR	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	3 - 127	3 - 127
2	2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	132 - 151	132 - 151
2	3	1	GLY	GLY	TRP	TRP	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	174 - 193	174 - 193
2	4	1	GLU	GLU	SER	SER	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	212 - 257	212 - 257
2	5	1	SER	SER	THR	THR	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	262 - 1086	262 - 1086
2	6	1	SER	SER	VAL	VAL	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	1093 - 1149	1093 - 1149
2	7	1	PHE	PHE	TYR	TYR	chain M and (resseq 3:127 or resseq 132:151 or resseq...	M	M	1265 - 1459	1265 - 1459
1	1	2	GLU	GLU	THR	THR	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	10 - 57	10 - 57
1	2	2	ILE	ILE	LYS	LYS	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	77 - 121	77 - 121
1	3	2	LYS	LYS	GLY	GLY	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	149 - 324	149 - 324
1	4	2	GLU	GLU	GLY	GLY	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	332 - 489	332 - 489
1	5	2	ALA	ALA	ALA	ALA	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	495 - 905	495 - 905
1	6	2	LYS	LYS	HIS	HIS	chain B and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	B	B	923 - 1209	923 - 1209
2	1	2	GLU	GLU	THR	THR	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	10 - 57	10 - 57
2	2	2	ILE	ILE	LYS	LYS	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	77 - 121	77 - 121
2	3	2	LYS	LYS	GLY	GLY	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	149 - 324	149 - 324
2	4	2	GLU	GLU	GLY	GLY	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	332 - 489	332 - 489
2	5	2	ALA	ALA	ALA	ALA	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	495 - 905	495 - 905
2	6	2	LYS	LYS	HIS	HIS	chain N and (resseq 10:57 or resseq 77:121 or resseq...	N	N	923 - 1209	923 - 1209
1	1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	chain C and (resseq 4:266 )	C	C	4 - 266	4 - 266
2	1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	chain O and (resseq 4:266 )	O	O	4 - 266	4 - 266
1	1	4	GLU	GLU	ALA	ALA	chain E and (resseq 4:210 )	E	E	4 - 210	4 - 210
2	1	4	GLU	GLU	ALA	ALA	chain Q and (resseq 4:210 )	Q	Q	4 - 210	4 - 210
1	1	5	PHE	PHE	SER	SER	chain G and (resseq 4:40 or resseq 44:172 )	G	G	4 - 40	4 - 40
1	2	5	GLY	GLY	LEU	LEU	chain G and (resseq 4:40 or resseq 44:172 )	G	G	44 - 172	44 - 172
2	1	5	PHE	PHE	SER	SER	chain S and (resseq 4:40 or resseq 44:172 )	S	S	4 - 40	4 - 40
2	2	5	GLY	GLY	LEU	LEU	chain S and (resseq 4:40 or resseq 44:172 )	S	S	44 - 172	44 - 172
1	1	6	PHE	PHE	GLN	GLN	chain D and (resseq 6:134 )	D	D	6 - 134	6 - 134
2	1	6	PHE	PHE	GLN	GLN	chain P and (resseq 6:134 )	P	P	6 - 134	6 - 134
1	1	7	SER	SER	ARG	ARG	chain H and (resseq 2:125 )	H	H	2 - 125	2 - 125
2	1	7	SER	SER	ARG	ARG	chain T and (resseq 2:125 )	T	T	2 - 125	2 - 125
1	1	8	MET	MET	MET	MET	chain K and (resseq 1:112 )	K	K	1 - 112	1 - 112
2	1	8	MET	MET	MET	MET	chain W and (resseq 1:112 )	W	W	1 - 112	1 - 112
1	1	9	VAL	VAL	ILE	ILE	chain F and (resseq 64:142 )	F	F	64 - 142	64 - 142
2	1	9	VAL	VAL	ILE	ILE	chain R and (resseq 64:142 )	R	R	64 - 142	64 - 142

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 14分子 AMBNCODPGSIUKW

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / RNA polymerase II subunit B1 / RNA polymerase II subunit 1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit 分子量: 194372.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: P36594, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit B2 / RNA polymerase II subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II 138 kDa ...RNA polymerase II subunit B2 / RNA polymerase II subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase II 138 kDa polypeptide 分子量: 138027.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: Q02061, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit B3 / RNA polymerase II subunit 3 / DNA-directed RNA polymerase II 33 kDa polypeptide 分子量: 33748.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: P37382
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4 / RNA polymerase II subunit B4 分子量: 15379.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: O74825
#7: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / RNA polymerase II subunit B7 分子量: 19121.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: O14459
#9: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / DNA-directed RNA ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase II 13.2 kDa polypeptide 分子量: 13192.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: O74635
#11: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / DNA-directed RNA polymerase II 14.1 kDa polypeptide 分子量: 14143.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: P87123

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 10分子 EQFRHTJVLX

#5: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / RPC24B 分子量: 23954.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: Q09191
#6: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 15 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 15 kDa polypeptide / RPC16 分子量: 15742.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: P36595
#8: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 kDa polypeptide / RPC14 分子量: 14317.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: Q92399
#10: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide / ABC10-beta / RPC8 分子量: 8286.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: O13877
#12: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha 分子量: 7216.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: 972h- / 参照: UniProt: P48011

-
非ポリマー , 2種, 18分子

#13: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#14: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 50mM MES pH 6.3, 300mM ammonium acetate, 5-6.5% (w/v) PEG 4000, 10mM DTT, 7.1mM C8E5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.65→50 Å / Num. obs: 138872 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 6.702
反射シェル	解像度: 3.65→3.85 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 45357 / Num. unique all: 19808 / R_sym value: 0.6 / % possible all: 95.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WCM

1wcm

解像度: 3.65→48.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.73 / σ(F): 0.97 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.321	3725	1.44 %	RANDOM
R_work	0.297	-	-	-
obs	0.297	138803	92.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 102.89 Å² / k_sol: 0.246 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 676.43 Å² / B_iso mean: 203.114 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	40.084 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-72.284 Å²	-0 Å²
3-	-	-	32.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.65→48.695 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	62852	0	18	0	62870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	64027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	86539
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	9676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	11264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.256	24123

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	10171	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.527
1	2	M	10171	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.527
2	1	B	8982	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.272
2	2	N	8982	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.272
3	1	C	2088	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
3	2	O	2088	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
4	1	E	1663	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
4	2	Q	1663	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
5	1	G	1294	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
5	2	S	1294	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.002
6	1	D	1028	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.181
6	2	P	1028	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.181
7	1	H	996	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
7	2	T	996	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.001
8	1	K	904	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
8	2	W	904	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
9	1	F	632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
9	2	R	632	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.65-3.696	0.489	129	0.427	9048	9177	88
3.696-3.745	0.373	127	0.394	8976	9103	89
3.745-3.796	0.352	137	0.374	9134	9271	90
3.796-3.85	0.419	136	0.374	9069	9205	90
3.85-3.908	0.43	130	0.395	9148	9278	90
3.908-3.969	0.384	135	0.37	9213	9348	90
3.969-4.034	0.347	130	0.348	9173	9303	91
4.034-4.103	0.315	136	0.327	9162	9298	91
4.103-4.178	0.31	138	0.324	9304	9442	91
4.178-4.258	0.316	139	0.32	9271	9410	92
4.258-4.345	0.326	137	0.304	9361	9498	92
4.345-4.439	0.321	135	0.298	9328	9463	92
4.439-4.543	0.275	134	0.283	9480	9614	93
4.543-4.656	0.334	144	0.275	9573	9717	94
4.656-4.782	0.309	145	0.276	9642	9787	95
4.782-4.923	0.31	144	0.268	9747	9891	96
4.923-5.081	0.286	144	0.276	9773	9917	96
5.081-5.263	0.311	141	0.279	9726	9867	96
5.263-5.473	0.295	145	0.281	9733	9878	96
5.473-5.722	0.283	141	0.286	9702	9843	96
5.722-6.023	0.331	142	0.295	9748	9890	95
6.023-6.4	0.313	145	0.307	9610	9755	95
6.4-6.892	0.394	141	0.297	9578	9719	95
6.892-7.584	0.29	137	0.27	9580	9717	94
7.584-8.676	0.262	138	0.217	9561	9699	94
8.676-10.91	0.185	143	0.186	9547	9690	94
10.91-48.699	0.319	132	0.286	9309	9441	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9233	0.472	0.2129	0.1399	-0.0196	0.1873	-0.2472	0.1705	0.1437	-0.1039	0.1811	0.0842	0.1498	-0.1526	0.0484	0.4034	-0.073	0.0719	1.7198	0.0187	0.4142	-13.5843	-38.7933	-31.5382
2	0.8527	-0.6359	-1.3962	1.0129	0.3226	-0.6796	0.4333	0.0736	-0.4682	-0.0171	-0.1562	0.4205	-0.2504	0.4249	-0.3354	0.9397	-0.4509	-0.0427	1.6373	-0.3108	1.0662	-6.2392	-94.1707	-50.534
3	0.4665	-0.0531	-0.0633	1.063	0.0632	0.5293	-0.0827	0.0582	-0.052	-0.1449	-0.0402	-0.2421	0.04	0.1157	0.1129	0.5249	0.0069	0.0168	1.6499	-0.0041	0.5717	38.4178	-51.8605	-27.969
4	0.7013	-0.4715	-1.5505	0.2525	1.5779	-0.2103	0.2714	0.6539	0.0517	0.1319	-0.1869	0.0612	-0.2625	-0.0146	-0.0911	1.0323	-0.0793	-0.2449	1.779	0.6531	0.539	1.2353	6.3716	-86.7052
5	0.9663	0.0831	-0.1086	0.432	0.8631	-1.3545	-0.4858	0.1478	-0.0943	-0.1199	0.2961	0.1622	-0.4223	-0.0217	0.1498	1.112	-0.2821	-0.0219	1.8348	0.0839	0.2325	6.157	-40.8214	-78.025
6	0.0682	-0.0108	0.3967	0.6479	0.2593	0.3092	0.1454	0.0133	-0.0529	-0.12	-0.1837	-0.194	-0.4913	-0.0305	0.033	1.5411	0.0504	0.3684	1.5222	-0.0469	1.3595	45.7614	54.4286	-61.5616
7	1.6401	-0.7437	0.694	0.4538	-0.1228	-1.053	-0.0701	-0.126	0.0235	0.131	0.6117	-0.1803	-0.0378	-0.0636	-0.6098	1.8433	-0.7003	0.323	1.5106	-0.0209	1.0082	99.7359	77.3317	-58.9729
8	0.458	0.439	0.2754	0.2323	0.2678	0.3258	0.0849	0.1592	-0.409	-0.1237	0.1035	-0.2267	0.037	0.3224	-0.1952	1.2059	0.0913	0.1903	1.8659	-0.2636	1.3725	81.6486	15.1664	-70.1004
9	0.9937	0.1675	0.8962	0.9981	0.4087	-1.2514	-1.0034	-0.6767	0.3213	0.4694	0.7479	0.1378	0.1213	1.0414	0.2242	1.7325	0.372	0.5007	1.9444	-0.0456	0.9457	29.4851	25.4741	3.0744
10	1.8626	-0.8421	0.056	-0.3001	0.0382	0.2453	-0.3378	-0.656	1.3112	0.1833	0.3957	-0.547	0.3059	-0.035	-0.1695	0.8356	0.2441	-0.4035	1.781	-0.5531	1.6627	68.0095	43.4078	-17.923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(((chain A and resid 809:1141) or (chain A and resid 1275:1394) or (chain E) or (chain F)))	A	809 - 1141
2	X-RAY DIFFRACTION	1	(((chain A and resid 809:1141) or (chain A and resid 1275:1394) or (chain E) or (chain F)))	A	1275 - 1394
3	X-RAY DIFFRACTION	1	(((chain A and resid 809:1141) or (chain A and resid 1275:1394) or (chain E) or (chain F)))	E	0
4	X-RAY DIFFRACTION	1	(((chain A and resid 809:1141) or (chain A and resid 1275:1394) or (chain E) or (chain F)))	F	0
5	X-RAY DIFFRACTION	2	(((chain A and resid 1142:1274) or (chain B and resid 218:405) or (chain I and resid 1:39)))	A	1142 - 1274
6	X-RAY DIFFRACTION	2	(((chain A and resid 1142:1274) or (chain B and resid 218:405) or (chain I and resid 1:39)))	B	218 - 405
7	X-RAY DIFFRACTION	2	(((chain A and resid 1142:1274) or (chain B and resid 218:405) or (chain I and resid 1:39)))	I	1 - 39
8	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	A	347 - 808
9	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	B	1 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	B	406 - 1150
11	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	C	0
12	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	J	0
13	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	K	0
14	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	L	0
15	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	H	0
16	X-RAY DIFFRACTION	3	(((chain A and resid 347:808) or (chain B and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain C or chain J or chain K or chain L or chain H or (chain I and resid 40:122)))	I	40 - 122
17	X-RAY DIFFRACTION	4	((chain G) or (chain D))	G	0
18	X-RAY DIFFRACTION	5	(((chain A and resid 1:346) or (chain A and resid 1395:1445) or (chain B and resid 1151:1224)))	A	1 - 346
19	X-RAY DIFFRACTION	5	(((chain A and resid 1:346) or (chain A and resid 1395:1445) or (chain B and resid 1151:1224)))	A	1395 - 1445
20	X-RAY DIFFRACTION	5	(((chain A and resid 1:346) or (chain A and resid 1395:1445) or (chain B and resid 1151:1224)))	B	1151 - 1224
21	X-RAY DIFFRACTION	6	(((chain M and resid 809:1141) or (chain M and resid 1275:1394) or (chain Q) or (chain R)))	M	809 - 1141
22	X-RAY DIFFRACTION	6	(((chain M and resid 809:1141) or (chain M and resid 1275:1394) or (chain Q) or (chain R)))	M	1275 - 1394
23	X-RAY DIFFRACTION	6	(((chain M and resid 809:1141) or (chain M and resid 1275:1394) or (chain Q) or (chain R)))	Q	0
24	X-RAY DIFFRACTION	6	(((chain M and resid 809:1141) or (chain M and resid 1275:1394) or (chain Q) or (chain R)))	R	0
25	X-RAY DIFFRACTION	7	(((chain M and resid 1142:1274) or (chain N and resid 218:405) or (chain U and resid 1:39)))	M	1142 - 1274
26	X-RAY DIFFRACTION	7	(((chain M and resid 1142:1274) or (chain N and resid 218:405) or (chain U and resid 1:39)))	N	218 - 405
27	X-RAY DIFFRACTION	7	(((chain M and resid 1142:1274) or (chain N and resid 218:405) or (chain U and resid 1:39)))	U	1 - 39
28	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	M	347 - 808
29	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	N	1 - 217
30	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	N	406 - 1150
31	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	O	0
32	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	V	0
33	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	W	0
34	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	X	0
35	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	T	0
36	X-RAY DIFFRACTION	8	(((chain M and resid 347:808) or (chain N and (resid 1:217 or resid 406:1150)) or chain O or chain V or chain W or chain X or chain T or (chain U and resid 40:122)))	U	40 - 122
37	X-RAY DIFFRACTION	9	((chain S) or (chain P))	S	0
38	X-RAY DIFFRACTION	10	(((chain M and resid 1:346) or (chain M and resid 1395:1445) or (chain N and resid 1151:1224)))	M	1 - 346
39	X-RAY DIFFRACTION	10	(((chain M and resid 1:346) or (chain M and resid 1395:1445) or (chain N and resid 1151:1224)))	M	1395 - 1445
40	X-RAY DIFFRACTION	10	(((chain M and resid 1:346) or (chain M and resid 1395:1445) or (chain N and resid 1151:1224)))	N	1151 - 1224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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