PDB-3h04: The crystal structure of the protein with unknown function from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3h04

タイトル

The crystal structure of the protein with unknown function from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

要素

uncharacterized protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Protein with unknown function / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Tesar, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein with unknown function from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
著者: Zhang, R. / Tesar, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3h04.cif.gz	67.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3h04.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3h04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3h04_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3h04_full_validation.pdf.gz	428 KB	表示
XML形式データ	3h04_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	3h04_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2h4c-1 1hq0-d 2z1n-2 4cd8-d 2qh5-1 1g0f-d 2ez7-d 2z1n-1 3qvv-2 1rza-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61011

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.033, 47.033, 404.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 31413.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: GI:14246089, SAV0321 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99WQ5, UniProt: A0A0H3JX93*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

uncharacterized protein

分子量: 31413.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: GI:14246089, SAV0321 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99WQ5, UniProt: A0A0H3JX93*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 5.1 詳細: 0.2M calcium chloride dihydrate, 20% PEG3350, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 1.9→67.42 Å / Num. obs: 20087 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 35.9

反射シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 64.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→67.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.153 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	1086	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	20087	94 %	-
all	-	21362	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→67.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2191	0	0	98	2289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.618	1.953	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.975	3	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.799	5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.839	24.404	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.605	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.43	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	1.5	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.294	1.5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.594	2	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.656	3	886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.896	4.5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	54	-
R_work	0.181	1006	-
obs	-	-	64.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 38.068 Å / Origin y: 4.896 Å / Origin z: 16.372 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0609 Å²	0.0045 Å²	0.0038 Å²	-	0.068 Å²	0.0414 Å²	-	-	0.0285 Å²
L	0.7368 °²	-0.252 °²	-0.0821 °²	-	1.1154 °²	-0.2941 °²	-	-	2.0459 °²
S	0.0283 Å °	-0.0027 Å °	0.018 Å °	0.0394 Å °	0.0889 Å °	0.0705 Å °	-0.0394 Å °	-0.0816 Å °	-0.1172 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	101 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	151 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	241 - 274

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)