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Yorodumi- PDB-3h04: The crystal structure of the protein with unknown function from S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3h04 | ||||||
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Title | The crystal structure of the protein with unknown function from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 | ||||||
Components | uncharacterized protein | ||||||
Keywords | structural genomics / unknown function / Protein with unknown function / MCSG / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Zhang, R. / Tesar, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of the protein with unknown function from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 Authors: Zhang, R. / Tesar, C. / Sather, A. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3h04.cif.gz | 67.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3h04.ent.gz | 50.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3h04.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3h04_validation.pdf.gz | 424.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3h04_full_validation.pdf.gz | 428 KB | Display | |
Data in XML | 3h04_validation.xml.gz | 12.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3h04_validation.cif.gz | 17.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/3h04 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31413.605 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: Mu50 / Gene: GI:14246089, SAV0321 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q99WQ5, UniProt: A0A0H3JX93*PLUS |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / pH: 5.1 Details: 0.2M calcium chloride dihydrate, 20% PEG3350, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794, 0.9796 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2008 / Details: MIRRORS | |||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 CHANNEL / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.9→67.42 Å / Num. obs: 20087 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 35.9 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 64.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.9→67.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.153 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.92 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→67.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 38.068 Å / Origin y: 4.896 Å / Origin z: 16.372 Å
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Refinement TLS group |
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