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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h00 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal Domain of a Putative HIV-1 gp41 Fusion Intermediate | ||||||
![]() | Envelope glycoprotein gp160 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / viral membrane fusion / HIV-1 / gp41 / envelope protein / neutralizing antibodies / AIDS / Apoptosis / Cell membrane / Cleavage on pair of basic residues / Disulfide bond / Fusion protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Viral immunoevasion / Virion | ||||||
機能・相同性 | ![]() Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Role of a putative gp41 dimerization domain in human immunodeficiency virus type 1 membrane fusion. 著者: Liu, J. / Deng, Y. / Li, Q. / Dey, A.K. / Moore, J.P. / Lu, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4796.156 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP residues 636 to 674) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HXB2 ISOLATE / 遺伝子: env / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 3% PEG8000, 0.1M Tris-HCl, 0.1M cesium chloride, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月24日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.2→40.1 Å / Num. all: 16151 / Num. obs: 16151 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1309 / % possible all: 76.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3GWO 解像度: 2.2→40.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.299 / SU ML: 0.104 Isotropic thermal model: Isotropic with TLS groups assigned for each protein chain 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.058 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.196→2.253 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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