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- PDB-3gwx: MOLECULAR RECOGNITION OF FATTY ACIDS BY PEROXISOME PROLIFERATOR-A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gwx
タイトルMOLECULAR RECOGNITION OF FATTY ACIDS BY PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVATED RECEPTORS
要素PROTEIN (PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR (PPAR-DELTA))
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / PPAR / FATTY ACIDS / TRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / negative regulation of myoblast differentiation / Carnitine shuttle / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / cellular response to nutrient levels / fatty acid transport / energy homeostasis / embryo implantation / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / apoptotic signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / fatty acid metabolic process / wound healing / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5,8,11,14,17-EICOSAPENTAENOIC ACID / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xu, H.E. / Lambert, M.H. / Montana, V.G. / Parks, D.J. / Blanchard, S.G. / Brown, P.J. / Sternbach, D.D. / Lehmann, J.M. / Wisely, G.B. / Willson, T.M. ...Xu, H.E. / Lambert, M.H. / Montana, V.G. / Parks, D.J. / Blanchard, S.G. / Brown, P.J. / Sternbach, D.D. / Lehmann, J.M. / Wisely, G.B. / Willson, T.M. / Kliewer, S.A. / Milburn, M.V.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: Molecular recognition of fatty acids by peroxisome proliferator-activated receptors.
著者: Xu, H.E. / Lambert, M.H. / Montana, V.G. / Parks, D.J. / Blanchard, S.G. / Brown, P.J. / Sternbach, D.D. / Lehmann, J.M. / Wisely, G.B. / Willson, T.M. / Kliewer, S.A. / Milburn, M.V.
履歴
登録1999年4月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR (PPAR-DELTA))
B: PROTEIN (PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR (PPAR-DELTA))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6394
ポリマ－62,0342
非ポリマー6052
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.379, 95.543, 96.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PEROXISOME PROLIFERATOR ACTIVATED RECEPTOR (PPAR-DELTA))


分子量: 31017.061 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BIDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE30) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-EPA / 5,8,11,14,17-EICOSAPENTAENOIC ACID / エイコサペンタエン酸


分子量: 302.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30O2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化pH: 9 / 詳細: pH 9.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mMbis-tris-propandiol1reservoir
210 mMdithiothreitol1reservoir
32.5 %propandiol1reservoir
41 mMEDTA1reservoir
50.5 %heptyl-beta-D-glucopyranoside1reservoir
60.2 mM1reservoirKCl
75 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 40000 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 25483 / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 1401347.12 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 1842 10 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs-18430 71.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 130.1 Å2 / ksol: 0.799 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å22.09 Å2
2--6.94 Å20 Å2
3----9.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4330 0 88 87 4505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 147 9.7 %
Rwork0.289 1376 -
obs--35.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMEPA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3EPA.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 57 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.353 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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