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- PDB-3gwf: Open crystal structure of cyclohexanone monooxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gwf
タイトルOpen crystal structure of cyclohexanone monooxygenase
要素Cyclohexanone monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein Biocatalysis Baeyer-Villiger oxidation Green Chemistry / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Cyclohexanone monooxygenase / Cyclohexanone monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mirza, I.A. / Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cyclohexanone monooxygenase reveal complex domain movements and a sliding cofactor
著者: Mirza, I.A. / Yachnin, B.J. / Wang, S. / Grosse, S. / Bergeron, H. / Imura, A. / Iwaki, H. / Hasegawa, Y. / Lau, P.C. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2009年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexanone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5243
ポリマ－59,9951
非ポリマー1,5292
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.279, 66.958, 135.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclohexanone monooxygenase


分子量: 59994.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: HI-31 / 遺伝子: chnB, chnB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6RXW1, UniProt: C0STX7*PLUS, cyclohexanone monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5 and 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A
検出器日付: 2004年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 27421 / Num. obs: 27243 / % possible obs: 99.35 %
反射 シェル解像度: 2.2→2.317 Å / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1W4X

1w4x


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 10.748 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23666 3056 10.1 %RANDOM
Rwork0.18217 ---
obs0.18767 27243 99.35 %-
all-27421 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.292 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4027 0 101 247 4375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9675811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3765511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67223.636209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89615629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5341531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6491.52603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08124087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6931980
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.724.51723
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.317 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 436 -
Rwork0.21 3788 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13550.56250.13270.84610.30740.7954-0.04860.0831-0.2505-0.07810.0261-0.0660.0564-0.01510.0225-0.0446-0.00050.0099-0.1164-0.0057-0.0573-20.0583-6.740227.0382
233.2742-11.2181-47.79265.583415.582268.802-0.34311.3558-0.44270.01080.0118-0.44531.8486-1.740.33130.18840.07340.00730.0944-0.14570.1852-15.0608-5.59015.3297
32.79610.85850.97742.82670.94653.95980.03990.0029-0.34080.19360.0132-0.11560.36120.1722-0.0531-0.029-0.01270.0537-0.0001-0.1233-0.0322-0.123-9.75564.1991
41.79760.4474-1.63382.325-1.56194.7196-0.1028-0.3124-0.00540.1307-0.0239-0.2021-0.17540.34310.1267-0.1176-0.0519-0.0337-0.0811-0.0446-0.0526-0.73157.439630.9096
50.32160.27980.50983.3092.3222.1077-0.06710.1607-0.0521-0.380.1254-0.0405-0.22470.1287-0.0583-0.0362-0.07670.0598-0.0024-0.0389-0.03683.30378.1417.0467
62.9840.85910.02991.91160.19510.8243-0.0560.35750.2212-0.2470.03890.1094-0.007-0.02450.0171-0.02210.0185-0.0427-0.08030.0074-0.0555-28.41538.246919.9574
75.99770.6018-1.59493.4054-0.12971.9644-0.03870.13310.5882-0.02210.00820.0806-0.02050.07060.0306-0.0489-0.0013-0.0147-0.1530.0041-0.0868-25.637115.329726.6654
823.316214.2165-0.93889.22660.67292.8148-0.25250.3398-0.6288-0.54130.1733-0.2893-0.22380.01310.07920.0149-0.00480.04360.019-0.01040.007-15.1496-2.845719.3218
98.58849.5322-21.924415.7085-23.422456.13040.45451.57750.0936-0.00060.12110.8804-1.9498-0.3184-0.5756-0.01640.08560.06530.0075-0.07140.0718-8.1091.14396.7699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2A143 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3A155 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4A212 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5A252 - 385
6X-RAY DIFFRACTION6A386 - 486
7X-RAY DIFFRACTION7A505 - 533
8X-RAY DIFFRACTION8A541
9X-RAY DIFFRACTION9A542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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