PDB-3gvt: Structure and RNA binding of the mouse Pumilio-2 Puf Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gvt

タイトル

Structure and RNA binding of the mouse Pumilio-2 Puf Domain

要素

Pumilio homolog 2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA-binding / Pumilio / Puf domain

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of sprouting of injured axon / pumilio-response element binding / regulation of intracellular mRNA localization / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of RIG-I signaling pathway / regulation of chromosome segregation / miRNA processing / miRNA binding / post-transcriptional regulation of gene expression / lncRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Jenkins, H.T. / Edwards, T.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and RNA binding of the mouse Pumilio-2 Puf domain
著者: Jenkins, H.T. / Baker-Wilding, R. / Edwards, T.A.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gvt.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gvt.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gvoSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bsb-2 1m8z-d 1m8y-1 3q0o-1 3e37-2 4zjg-d 1m8x-2 2yjy-2 3q0r-d 3q0p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pumilio homolog 2

B: Pumilio homolog 2

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pumilio homolog 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pumilio homolog 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.540, 150.540, 77.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 706 - 1049 / Label seq-ID: 3 - 344

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Pumilio homolog 2 / Pumilio 2 分子量: 40452.551 Da / 分子数: 2 / 断片: Puf domain, UNP residues 706-1056 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pum2 / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q80U58
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THIS ENTITY BASED ON THE ISOFORM 2 OF UNIPROTKB/SUISS-PROT Q80U58 (PUM2_MOUSE). ...THE SEQUENCE OF THIS ENTITY BASED ON THE ISOFORM 2 OF UNIPROTKB/SUISS-PROT Q80U58 (PUM2_MOUSE). RESIDUES 829 VAL AND 830 ILE WERE MISSING IN ISOFORM 2.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium citrate, 0.2M Li2SO4, 22%(w/v) PEG 4000 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月11日
放射	モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→37.88 Å / Num. all: 24770 / Num. obs: 24746 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5.7 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 75.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 3595 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVO

3gvo

解像度: 2.8→37.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 27.668 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS (5 TLS groups per monomer)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.551 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25317	1250	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19151	-	-	-
all	0.19457	23492	-	-
obs	0.19457	23335	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0.09 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5552	0	20	86	5658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5673
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.952	7640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.904	5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.121	24.236	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.3	15	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.462	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.232	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.935	2	5516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.29	3	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.168	4.5	2124

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1368	tight positional	0.08	0.05
1408	medium positional	0.54	0.5
1368	tight thermal	0.08	0.5
1408	medium thermal	0.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	87	-
R_work	0.259	1677	-
obs	-	-	97.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.9394	3.6132	-3.4675	18.2741	-3.301	10.8757	0.513	1.9708	1.794	-1.672	-1.0588	-0.2408	-0.3058	-0.6323	0.5459	-0.3491	-0.062	0.1572	0.1076	0.6405	0.1482	-52.4588	63.4575	-37.9151
2	4.8256	-0.4096	0.417	6.1376	-3.1516	2.9233	0.0658	0.2994	0.597	0.1413	0.0136	0.0499	-0.0209	0.0874	-0.0794	-0.224	-0.0416	0.0439	-0.1009	-0.017	-0.0611	-58.0198	49.6433	-23.9362
3	3.1186	-0.2873	3.062	0.8203	-0.2749	3.6803	0.1293	0.0295	-0.3012	0.0248	0.052	0.033	0.2604	0.2871	-0.1813	-0.1105	0.0081	0.0209	-0.0696	-0.0423	-0.176	-44.4596	31.9081	0.0893
4	5.0128	-1.0688	-3.1746	6.6317	-1.1401	11.0995	0.1354	-0.3972	0.3506	0.7801	-0.089	-0.2792	-0.9255	1.1682	-0.0463	-0.2169	-0.1271	-0.1373	0.089	-0.0376	-0.3069	-25.3995	38.1147	18.2444
5	3.6402	-2.9848	-1.7428	3.6117	5.3283	13.8924	0.2282	-0.5354	1.3657	0.851	0.0309	-1.4369	-1.6741	1.3531	-0.2591	-0.0514	-0.3641	-0.0191	0.1274	-0.065	0.0766	-18.6602	47.8732	20.4629
6	12.5897	-7.4344	-2.9414	8.3519	-0.6128	6.7334	-1.2167	-2.2027	-1.927	1.1834	1.106	1.7793	0.2442	-0.4988	0.1107	-0.2027	0.0236	0.2943	0.0368	0.1914	0.0497	-64.1013	50.8134	14.5118
7	7.7387	-4.1364	-3.6626	3.419	2.3015	3.5535	0.1674	0.0268	0.5697	-0.3226	0.0387	-0.3146	-0.0901	-0.0532	-0.2061	-0.162	-0.0859	-0.0036	-0.1304	-0.0935	-0.0776	-50.8422	57.2711	0.292
8	1.6817	-0.0305	-0.9373	2.4295	1.9545	5.3893	0.1982	-0.1141	0.3975	-0.1124	0.2732	-0.2638	0.2932	0.4153	-0.4713	-0.1524	0.0156	-0.0092	-0.073	-0.0235	-0.066	-32.7616	44.3802	-23.9243
9	8.0659	1.4906	-2.1024	9.6327	-4.6228	10.2888	-0.0275	0.5016	-0.1989	-0.4476	0.1896	0.3686	1.0763	-0.5987	-0.1621	0.276	-0.1081	-0.0826	-0.2154	-0.1087	-0.3902	-38.3979	24.9857	-41.8074
10	3.9539	-0.2186	3.2262	7.7667	-2.1537	3.1356	0.2684	0.8103	-1.4408	-0.576	0.7195	1.1021	0.7291	-0.4047	-0.9879	0.2997	-0.3371	-0.249	-0.1499	0.2046	0.0923	-47.8999	17.8112	-43.9243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	706 - 730
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	731 - 828
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	831 - 968
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	969 - 1015
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1016 - 1049
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	706 - 730
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	731 - 828
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	831 - 968
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	969 - 1015
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1016 - 1049

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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