PDB-3gvk: Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gvk

タイトル

Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant

要素

Endo-N-acetylneuraminidase

キーワード

HYDROLASE / endo neuraminidase / polysialic acid / triple-beta helix / Glycosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-alpha-sialidase / endo-alpha-(2,8)-sialidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / metabolic process / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage K1F (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Schulz, E.C. / Dickmanns, A. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the recognition and cleavage of polysialic acid by the bacteriophage K1F tailspike protein EndoNF.
著者: Schulz, E.C. / Schwarzer, D. / Frank, M. / Stummeyer, K. / Muhlenhoff, M. / Dickmanns, A. / Gerardy-Schahn, R. / Ficner, R.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年12月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gvk.cif.gz	451 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gvk.ent.gz	380 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3gvk_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gvk_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	3gvk_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	3gvk_validation.cif.gz	74.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/3gvk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gvjC 3gvlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gvj-1 1v0e-2 3ju4-1 1v0f-1 3gvl-1 1v0f-2 1v0e-1 4hiz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#113 - 2009年5月
インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase)
類似性 (1)
#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (1)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#72 - 2005年12月
ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-N-acetylneuraminidase

B: Endo-N-acetylneuraminidase

C: Endo-N-acetylneuraminidase

ヘテロ分子

231 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.400, 153.700, 157.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 245 - 910 / Label seq-ID: 245 - 910

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質

Endo-N-acetylneuraminidase / Endo-alpha-sialidase / Gp17 protein

分子量: 74475.391 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 246-910 / 変異: H350A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage K1F (ファージ)
遺伝子: sia, 17, 17.0 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q858B1, UniProt: Q04830*PLUS, endo-alpha-sialidase

#2: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 891.780 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Acb2-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[Aad21122h-2b_2-6_5NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2-2/a8-b2_b8-c2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 600.525 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Acb2-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[Aad21122h-2b_2-6_5NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O]/1-2/a8-b2	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: Crystals were grown at 20 C in sitting drop vapour diffusion plates combining equal volumes of precipitant (20% (w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: X13

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.84→19.815 Å / Num. obs: 189954 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.092

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	% possible all
1.84-1.9		0.276	6.9	99.9
1.9-2		0.206	9	99.9
2-2.1		0.165	11	100
2.1-2.2		0.139	12.7	99.9
2.2-2.3		0.123	14.1	99.9
2.3-2.4		0.114	14.9	99.9
2.4-2.5		0.105	16	100
2.5-3		0.091	18.1	99.9
3-4		0.079	21.4	100
4-6		0.075	22.5	99.9
6-10		0.072	22.2	100
	10	0.071	21.4	82.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0039	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 5.209 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28228	9487	5 %	RANDOM
R_work	0.2648	-	-	-
obs	0.26567	180257	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15528	0	492	2130	18150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	16730
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.423	1.962	22874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.554	5	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.136	23.693	815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.916	15	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.808	15	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	2493
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13134
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.324	1.5	9940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.6	2	16135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.906	3	6790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.437	4.5	6697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	2541	tight positional	0.6	0.05
B	2541	tight positional	0.51	0.05
C	2541	tight positional	0.56	0.05
A	2377	medium positional	0.66	0.5
B	2377	medium positional	0.57	0.5
C	2377	medium positional	0.61	0.5
A	2541	tight thermal	5.38	0.5
B	2541	tight thermal	2.52	0.5
C	2541	tight thermal	3.78	0.5
A	2377	medium thermal	5.04	2
B	2377	medium thermal	2.49	2
C	2377	medium thermal	3.59	2

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.887 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	686	-
R_work	0.4	13042	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3831	0.6957	1.1184	0.4959	-0.5823	5.8241	-0.2225	0.1632	0.0487	-0.1158	-0.0048	0.0433	-0.4538	0.4195	0.2273	0.1549	-0.0351	-0.0367	0.0364	0.0313	0.0896	16.2003	51.2299	-43.3468
2	0.7514	0.1389	0.0343	0.1399	-0.1428	0.6233	-0.0202	0.0609	0.0437	-0.0526	-0.0067	-0.0288	-0.054	0.096	0.027	0.0835	-0.0202	-0.0036	0.0831	0.0126	0.0787	14.2259	48.5957	-36.1167
3	0.3288	0.0155	0.0201	0.3016	0.0226	0.403	0.0065	-0.0597	-0.0577	0.0834	0.0115	-0.0225	0.0363	-0.0409	-0.018	0.0896	0.0068	-0.0215	0.089	0.037	0.0716	2.2962	24.4189	-14.9425
4	2.4628	-0.399	-0.0797	0.4903	0.1041	3.3097	-0.0582	-0.1238	-0.4118	0.1415	0.2273	-0.1668	0.2639	0.559	-0.1691	0.1298	0.1128	-0.1269	0.2367	-0.05	0.3457	23.6029	0.9299	-5.4759
5	0.9968	0.4922	-1.0681	0.3787	-0.6126	1.3532	-0.0579	-0.1727	-0.2194	0.1549	-0.0116	-0.1547	0.0884	0.045	0.0695	0.3815	0.0296	-0.2284	0.1293	0.1224	0.2974	17.0778	0.9618	-7.8238
6	3.7284	-2.3175	-2.2921	10.3122	0.5124	1.5287	-0.4391	-0.275	-0.5096	2.0612	0.0418	-0.7632	0.1755	0.2315	0.3973	0.7313	0.1347	-0.306	0.1939	0.0983	0.3618	22.6492	-1.9832	-1.5886
7	0.3417	0.0041	0.0126	1.3925	0.0075	0.3775	0.0563	-0.1519	-0.0478	0.2388	-0.014	-0.0722	-0.0004	0.015	-0.0423	0.1252	0.0138	-0.0369	0.1472	0.0417	0.0362	10.6948	28.1801	-2.6038
8	0.4966	0.0493	0.155	0.4009	0.0315	0.3721	-0.0264	-0.0615	0.0142	0.0509	0.0381	-0.0436	-0.0519	0.0328	-0.0117	0.0862	0.0032	-0.0271	0.099	0.001	0.0634	13.0368	45.0904	-15.87
9	0.0365	0.0375	-0.0285	0.321	0.0665	0.088	-0.0076	-0.0247	-0.0225	0.019	0.0229	-0.017	-0.0003	0.013	-0.0153	0.076	0.0062	-0.0125	0.0836	0.0212	0.0846	1.7344	26.0972	-29.7129
10	0.3545	0.2477	-0.1094	0.3986	-0.1388	0.2258	-0.012	0.0214	0.0286	-0.0463	0.0078	0.0262	0.024	-0.0217	0.0042	0.0862	-0.0005	-0.0056	0.0847	-0.0007	0.0512	-34.9985	-9.4339	-22.5082
11	1.3771	-1.6605	1.2418	4.6527	-0.0616	3.6181	0.0338	0.2079	-0.025	0.0418	-0.0184	-0.2511	-0.2719	0.5841	-0.0155	0.0834	-0.0317	-0.0026	0.116	0.0488	0.2018	23.3548	35.6829	-67.1007
12	1.9178	0.5425	0.2466	3.6674	-0.8274	3.4462	0.0538	0.0897	0.1014	-0.1809	-0.1762	-0.2678	-0.2965	0.248	0.1225	0.0638	-0.0259	0.0313	0.081	0.0257	0.0806	16.7427	38.0213	-66.4975
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28	0.0771	-0.1236	-0.0302	0.3916	-0.0791	0.0975	-0.0066	-0.027	0.0015	0.014	0.0031	-0.0116	0.004	0.0267	0.0035	0.0744	-0.0083	-0.0145	0.089	0.0209	0.0876	-3.2905	17.1781	-43.7575
29	0.486	0.1746	-0.1073	0.5144	-0.0186	0.1011	-0.0037	0.027	0.0347	-0.0369	-0.02	-0.0405	-0.0071	0.0568	0.0237	0.0838	0.0009	0.0152	0.0876	0.0081	0.0614	-21.8383	-0.714	-25.3287
30	0.3464	0.2627	-0.0234	0.3871	-0.0137	0.2415	0.0075	-0.0142	0.0125	-0.0014	0.0043	0.0227	0.02	-0.009	-0.0118	0.0854	-0.001	0.0009	0.0889	-0.0018	0.056	-38.2759	-12.63	-13.7218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	267 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	285 - 315
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	316 - 423
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	424 - 448
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	449 - 471
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	472 - 499
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	500 - 575
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	576 - 684
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	685 - 796
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	797 - 910
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	245 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	271 - 283
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	284 - 310
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	311 - 409
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	410 - 485
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	486 - 554
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	555 - 676
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	677 - 756
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	757 - 789
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	790 - 910
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	245 - 272
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	273 - 311
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	312 - 403
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	404 - 489
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	490 - 524
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	525 - 669
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	670 - 751
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	752 - 795
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	796 - 833
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	834 - 910

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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