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万見
- PDB-3gvj: Crystal structure of an endo-neuraminidaseNF mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gvj
タイトルCrystal structure of an endo-neuraminidaseNF mutant
要素Endo-N-acetylneuraminidase
キーワードHYDROLASE / endo-Neuraminidase / polySialic acid / triple-beta helix / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-sialidase / endo-alpha-(2,8)-sialidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, domain 4 / Endosialidase, domain 4 / Glycosyl hydrolase 58 / Endosialidase, beta barrel domain / Endosialidase, beta propeller domain / Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, C-terminal domain / Beta barrel domain of bacteriophage endosialidase / Catalytic beta propeller domain of bacteriophage endosialidase ...Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, domain 4 / Endosialidase, domain 4 / Glycosyl hydrolase 58 / Endosialidase, beta barrel domain / Endosialidase, beta propeller domain / Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, C-terminal domain / Beta barrel domain of bacteriophage endosialidase / Catalytic beta propeller domain of bacteriophage endosialidase / N terminal extension of bacteriophage endosialidase / Catalytic domain of bacteriophage endosialidase / Endosialidase, C-terminal domain superfamily / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Chaperone of endosialidase / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / Bacteriophage T7 tail fibre protein / Phage T7 tail fibre protein / Transcription Regulator spoIIAA / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail spike protein / Tail spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage K1F (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Schulz, E.C. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the recognition and cleavage of polysialic acid by the bacteriophage K1F tailspike protein EndoNF.
著者: Schulz, E.C. / Schwarzer, D. / Frank, M. / Stummeyer, K. / Muhlenhoff, M. / Dickmanns, A. / Gerardy-Schahn, R. / Ficner, R.
履歴
登録2009年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1143
ポリマ－74,4561
非ポリマー2,6572
水15,313850
1
A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子

A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子

A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,3419
ポリマ－223,3693
非ポリマー7,9726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area51920 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area67290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.090, 119.090, 175.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1096-

HOH

21A-1420-

HOH

31A-1485-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endo-N-acetylneuraminidase / Endo-alpha-sialidase / Gp17 protein


分子量: 74456.336 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 246-910 / 変異: R647A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage K1F (ファージ)
遺伝子: sia, 17, 17.0 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q858B1, UniProt: Q04830*PLUS, endo-alpha-sialidase
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1474.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Acb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[Aad21122h-2b_2-6_5*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2-2-2/a8-b2_b8-c2_c8-d2_d8-e2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1183.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Aca2-8DNeup5Acb2-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[Aad21122h-2b_2-6_5*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-2-2/a8-b2_b8-c2_c8-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{[(8+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 850 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/HCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 164778 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.4-1.50.3594146.2
1.5-1.60.3164.7199.8
1.6-1.650.2735.71100
1.65-1.70.2546199.9
1.7-1.750.2316.81100
1.75-1.850.2057.31100
1.85-20.1628.81100
2-2.20.12610.61100
2.2-2.30.10612.31100
2.3-2.50.112.81100
2.5-2.80.08714.71100
2.8-30.08161100
3-40.06719.61100
4-50.05423.41100
5-60.0526.81100
6-100.04627.61100
10-200.04528199.8
201

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0039精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.48→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 1.524 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21636 7739 5 %RANDOM
Rwork0.19395 ---
obs0.19506 147036 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5253 0 182 850 6285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215787
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9677925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0955723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34623.488281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88715853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9121543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5151.53431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8825587
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50532356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2284.52319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 564 -
Rwork0.278 10697 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7031-0.2032-0.17061.0908-0.02380.60630.0049-0.21460.0920.03810.0018-0.07640.00760.0233-0.00670.00380.0001-0.00090.0287-0.00930.009650.32247.563233.1273
20.1403-0.03080.02420.1475-0.04830.4466-0.00460.01870.0171-0.0225-0.0019-0.0132-0.00780.00460.00640.0045-0.00110.0010.00250.00210.002761.559735.809-44.5517
30.80520.120.50340.55530.10690.45790.07320.0084-0.11080.028-0.0023-0.030.0405-0.0319-0.07090.02410.0007-0.03350.00990.00130.047334.40633.479-12.391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A245 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2A777 - 910
3X-RAY DIFFRACTION3A423 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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