PDB-3gs9: Crystal structure of prophage tail protein gp18 (NP_465809.1) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gs9

タイトル

Crystal structure of prophage tail protein gp18 (NP_465809.1) from Listeria monocytogenes EGD-e at 1.70 A resolution

要素

Protein gp18

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / NP_465809.1 / prophage tail protein gp18 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #40 / Thrombin, subunit H / Thrombin, subunit H - #10 / Prophage endopeptidase tail, N-terminal / Prophage endopeptidase tail N-terminal domain / Prophage tail endopeptidase / Prophage endopeptidase tail / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Other non-globular ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of prophage tail protein gp18 (NP_465809.1) from Listeria monocytogenes EGD-e at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gs9.cif.gz	89.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gs9.ent.gz	71.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gs9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gs9_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gs9_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	3gs9_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	3gs9_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/3gs9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wru-1 6u5h-d 5oui-d 3cdd-1 4qab-2 4qac-2 4ez1-d 3sh1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 376562

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein gp18

40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein gp18

ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.575, 135.575, 59.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Protein gp18 分子量: 40431.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 株: EGD-e / Serovar 1/2a / 遺伝子: lmo2285, NP_465809.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8Y4Z4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED ...1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE PROTEIN WAS REDUCTIVELY METHYLATED PRIOR TO CRYSTALLIZATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.59	52.48	THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MAD METHOD USING A DIFFERENT CRYSTAL. THE PHASE RESTRAINTS FROM THAT CRYSTAL WERE USED IN THE CURRENT REFINEMENT.
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.65	NANODROP, 10.0% PEG 1000, 0.20M Lithium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.65, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
293	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	4.36	NANODROP, 11.50% PEG 6000, 0.1M Citric acid pH 4.36, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	2

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.91162
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.91162, 0.97975, 0.97956

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2008年11月15日	Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD	2008年12月7日	Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double crystal	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97975	1
3	0.97956	1

反射

解像度: 1.7→28.689 Å / Num. obs: 44621 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.937 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 128282

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.74	2.9	0.498	1.8	9519	3320	0.498	100
1.74-1.79	2.9	0.419	1.8	9290	3225	0.419	100
1.79-1.84	2.9	0.329	2.2	8957	3118	0.329	100
1.84-1.9	2.9	0.27	2.7	8746	3041	0.27	100
1.9-1.96	2.9	0.227	3.2	8548	2955	0.227	100
1.96-2.03	2.9	0.178	4	8205	2849	0.178	100
2.03-2.11	2.9	0.163	4.2	7875	2729	0.163	100
2.11-2.19	2.9	0.139	4.9	7698	2671	0.139	100
2.19-2.29	2.9	0.116	5.7	7244	2518	0.116	100
2.29-2.4	2.9	0.104	6.4	6980	2410	0.104	100
2.4-2.53	2.9	0.095	6.7	6666	2316	0.095	100
2.53-2.69	2.9	0.088	7	6325	2199	0.088	100
2.69-2.87	2.9	0.079	7.2	5798	2021	0.079	100
2.87-3.1	2.8	0.073	7.8	5527	1940	0.073	100
3.1-3.4	2.8	0.065	8.5	4924	1733	0.065	100
3.4-3.8	2.9	0.06	8.8	4563	1588	0.06	100
3.8-4.39	2.9	0.058	8.2	4031	1406	0.058	100
4.39-5.38	2.9	0.061	8	3350	1174	0.061	100
5.38-7.6	2.9	0.064	8.1	2621	908	0.064	100
7.6-28.689	2.8	0.064	7.1	1415	500	0.064	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→28.689 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / SU B: 4.127 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	2298	5.2 %	RANDOM
R_work	0.187	42321	-	-
obs	0.189	44619	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.01 Å² / B_iso mean: 24.197 Å² / B_iso min: 9.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.23 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.689 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2675	0	0	353	3028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.961	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.882	24.859	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.874	15.187	509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.023	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.258	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.979	3	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.518	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.866	5	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.405	8	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.988	11	1132

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	173	-
R_work	0.24	3135	-
all	-	3308	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.4171 Å / Origin y: 4.4613 Å / Origin z: 24.9861 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0435 Å²	-0.0075 Å²	0.0132 Å²	-	-0.02 Å²	0.0139 Å²	-	-	-0.0239 Å²
L	0.3173 °²	-0.3466 °²	0.0062 °²	-	0.8625 °²	0.1416 °²	-	-	0.1716 °²
S	0.0394 Å °	0.0262 Å °	0.0492 Å °	-0.0402 Å °	-0.0741 Å °	-0.1134 Å °	-0.0032 Å °	-0.003 Å °	0.0347 Å °

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