PDB-3grx: NMR STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI GLUTAREDOXIN 3-GLUTATHIONE MIXE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3grx

タイトル

NMR STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI GLUTAREDOXIN 3-GLUTATHIONE MIXED DISULFIDE COMPLEX, 20 STRUCTURES

要素

GLUTAREDOXIN 3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / THIOL-DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / THIOLTRANSFERASE / THIOREDOXIN SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione disulfide oxidoreductase activity / glutathione binding / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Nordstrand, K. / Aslund, F. / Holmgren, A. / Otting, G. / Berndt, K.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: NMR structure of Escherichia coli glutaredoxin 3-glutathione mixed disulfide complex: implications for the enzymatic mechanism.
著者: Nordstrand, K. / slund, F. / Holmgren, A. / Otting, G. / Berndt, K.D.

履歴

登録	1998年8月17日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月25日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年1月18日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2018年3月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3grx.cif.gz	508.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3grx.ent.gz	424.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3grx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3grx_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3grx_full_validation.pdf.gz	502 KB	表示
XML形式データ	3grx_validation.xml.gz	27.5 KB	表示
CIF形式データ	3grx_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rjx-1 2jtr-d 6l1p-2 4hin-1 1j0q-d 2m4k-d 2plt-d 6sr7-4 3ofe-2 2d5d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAREDOXIN 3

ヘテロ分子

9.37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	GLUTAREDOXIN 3 分子量: 9063.272 Da / 分子数: 1 / 変異: C14S, C65Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT COMPLEX WITH GLUTATHIONE / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET-24D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AC62
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
Has protein modification	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	3QF-COSY
1	3	1	SMALL FLIP ANGLE COSY
1	4	1	TOCSY
1	5	1	NOESY
1	6	1	OMEGA1-DECOUPLED NOESY
1	7	1	2D HNHB
1	8	1	15N-HSQC
1	9	1	NOESY-15N-HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING ONE SAMPLE OF RECOMBINANT GRX3[C14S/C65Y] AT NATURAL ABUNDANCE AND ONE SAMPLE OF UNIFORMLY 15N-LABELED GRX3[C14S/C65Y] COMPLEXED WITH UNLABELED GLUTATHIONE.

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: 0.05 M / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 301 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
OPAL	LUGINBUHL,GUNTERT,BILLETER, WUTHRICH	精密化
XEASY		構造決定
DYANA		構造決定

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: THE 20 CONFORMERS WERE ENERGY-MINIMIZED IN A 6 ANGSTROM SHELL OF EXPLICIT WATER.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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