PDB-3grl: Crystal Structure of the Monomer of the p115 Tether Globular Head...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3grl

タイトル

Crystal Structure of the Monomer of the p115 Tether Globular Head Domain

要素

General vesicular transport factor p115

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / vesicle transport / membrane trafficking / membrane tethering / membrane fusion / SNARE / Rab GTPase / armadillo repeats / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Membrane / Phosphoprotein / Protein transport / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

COPII-mediated vesicle transport / inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport / Golgi vesicle docking / cytoplasmic side of Golgi membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / COPI-mediated anterograde transport / Golgi stack / transcytosis / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

An, Y. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional analysis of the globular head domain of p115 provides insight into membrane tethering.
著者: An, Y. / Chen, C.Y. / Moyer, B. / Rotkiewicz, P. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Wilson, I.A. / Balch, W.E.

履歴

登録	2009年3月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3grl.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3grl.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3grl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3grl_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3grl_full_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示
XML形式データ	3grl_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	3grl_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/3grl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ub4-d 3gq2-3 6idx-d 6sis-2 5t35-1 3gq2-2 6e0z-d 5ub3-d 1r6q-d 6sis-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: General vesicular transport factor p115

ヘテロ分子

72.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: General vesicular transport factor p115

ヘテロ分子

A: General vesicular transport factor p115

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.629, 174.715, 87.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	General vesicular transport factor p115 / Protein USO1 homolog / Transcytosis-associated protein / TAP / Vesicle-docking protein 分子量: 72666.984 Da / 分子数: 1 断片: p115 Tether Globular Head Domain (UNP residues 1-651) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: USO1, VDP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41541
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.2 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2	77	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	1
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2	0.9794, 0.9796, 0.9537

検出器

日付: 2005年12月8日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9794	1
3	0.9796	1
4	0.9537	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 79589 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 34.3

反射シェル

解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2→48.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.864 / SU B: 7.528 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / SU R_free: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	7124	10 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.181	71158	88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.52 Å² / B_iso mean: 35.891 Å² / B_iso min: 10.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4690	0	5	390	5085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.975	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	7848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.129	5	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.015	25.571	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.746	15	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.332	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.592	3	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.412	3	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.802	5	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.723	8	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.945	11	1618

LS精密化シェル

解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	416	-
R_work	0.296	3971	-
all	-	4387	-
obs	-	-	74.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7668	-2.3227	-3.167	7.2869	-0.8797	13.7958	0.2343	0.5239	-0.3688	0.0103	-0.1777	0.4755	0.6292	-0.3603	-0.0566	0.3337	-0.0033	0.0353	0.175	-0.0223	0.3315	18.3765	-5.9402	11.6047
2	6.0079	-1.1829	-0.1275	5.7704	1.0793	5.9717	-0.154	-0.2258	-0.9809	0.5165	0.141	0.5157	0.8905	-0.2154	0.013	0.5811	-0.1245	0.2675	0.208	0.0746	0.516	17.039	7.636	14.4591
3	3.0675	-0.0712	-0.6121	4.9274	0.5724	5.2051	-0.2478	-0.0111	-0.5044	0.0046	-0.0981	0.1726	0.9043	-0.3657	0.346	0.2297	-0.1096	0.1396	0.0795	-0.0429	0.1892	22.4834	20.6997	3.9097
4	4.5982	0.7735	-0.9332	3.3934	-1.8118	4.1042	-0.0908	0.0956	-0.0818	-0.0121	-0.0879	-0.0258	0.2503	0.0443	0.1787	0.0271	0.0024	0.028	0.0743	0.0025	0.0377	34.1242	35.027	-1.6023
5	3.695	-2.4752	0.0042	7.3866	-4.3558	8.9707	-0.1123	-0.2968	-0.01	0.2454	-0.008	-0.2315	-0.1334	0.6363	0.1203	0.0173	0.003	0.0157	0.1242	0.0322	0.0817	47.0261	39.2216	-5.7814
6	3.539	-0.4558	-0.9909	3.8949	-0.3965	4.3761	0.0267	-0.43	-0.0153	0.1877	-0.0459	-0.4308	0.0812	0.7944	0.0193	0.0165	0.0241	-0.0115	0.2342	0.0556	0.0882	59.2695	41.2973	-13.4977
7	3.7751	-1.9701	-0.9725	6.9163	-1.2277	4.7675	-0.1787	-0.2317	0.1843	0.3125	0.0611	-0.5916	-0.216	0.9014	0.1176	0.0352	-0.0023	-0.0232	0.2831	0.0141	0.0535	66.8081	44.2438	-29.2841
8	3.7663	-0.3567	0.4416	2.7256	-0.2917	2.9509	-0.0506	0.3266	-0.4046	-0.169	-0.0477	-0.3427	0.3426	0.8145	0.0983	0.0577	0.113	0.034	0.3366	-0.0262	0.1422	69.6708	34.7053	-41.2268
9	3.7091	0.2936	-0.0873	5.3313	-0.5654	5.7964	-0.0177	0.5078	-0.8081	-0.6601	-0.1186	-0.0883	1.146	0.3764	0.1364	0.297	0.1297	0.0055	0.2557	-0.1406	0.2813	58.7767	27.7422	-48.6392
10	3.1971	-0.5413	2.4648	2.2117	-0.9517	9.9339	0.0829	-0.0783	-0.2776	-0.0695	0.0015	0.2364	0.7167	-0.4669	-0.0844	0.0833	-0.0052	0.0208	0.0622	0.0124	0.2166	51.7474	29.5828	-34.7576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	181 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	256 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	308 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	395 - 464
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	465 - 524
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	525 - 590
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	591 - 632

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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