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- PDB-3gqx: Pyrococcus Horikoshii NOP5 RNA Binding Domain from a twinned crys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqx
タイトルPyrococcus Horikoshii NOP5 RNA Binding Domain from a twinned crystal form
要素NOP5P PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D methylation guide snoRNP complex / snoRNA binding
類似検索 - 分子機能
Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily ...Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Nop domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reyes, F.E. / Hardin, J.W. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Analysis of a Critical Interaction within the Archaeal Box C/D Small Ribonucleoprotein Complex
著者: Hardin, J.W. / Reyes, F.E. / Batey, R.T.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年11月14日Group: Other
改定 1.32017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NOP5P PROTEIN
A: NOP5P PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3435
ポリマ－37,9632
非ポリマー3813
水2,450136
1
A: NOP5P PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1082
ポリマ－18,9811
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NOP5P PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2353
ポリマ－18,9811
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.604, 73.604, 114.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B and (resseq 243:293 or resseq 310:370 )
21chain A and (resseq 243:293 or resseq 310:370 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUALAALABA243 - 29322 - 72
12HISHISLYSLYSBA310 - 37089 - 149
21LEULEUALAALAAB243 - 29322 - 72
22HISHISLYSLYSAB310 - 37089 - 149

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.004712, -0.99998, -0.003427), (-0.999885, 0.004662, 0.014445), (-0.014429, -0.003495, -0.99989)36.847301, 36.700199, 0.360842

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要素

#1: タンパク質 NOP5P PROTEIN


分子量: 18981.275 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA BINDING DOMAIN (UNP residues 244-391) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: NOP5P, PH0053 / プラスミド: PET41B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: O57810
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.5569.87
2469.6
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 500MM POTASSIUM IODIDE, 2% PEG 3350, pH 6.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.502 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.502 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 1.957→23.682 Å / Num. obs: 20529 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.7 % / Rsym value: 0.168

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.7
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.28 Å
Translation2.5 Å23.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GQU

3gqu


解像度: 2.5→23.682 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.738 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1107 5.62 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.254 19699 93.48 %-
all-19699 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 119.326 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 201.33 Å2 / Biso mean: 67.91 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.316 Å2-0 Å20 Å2
2---7.316 Å20 Å2
3---14.631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 3 136 1727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8652199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.045523
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B784X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A784X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.5890.367950.33916341729
2.589-2.6930.407950.32517171812
2.693-2.8150.3871100.34417621872
2.815-2.9630.364940.30418041898
2.963-3.1490.2961050.29118751980
3.149-3.3910.291070.26419122019
3.391-3.7310.2481140.25219632077
3.731-4.2680.2681060.20919732079
4.268-5.3670.2351160.21719682084
5.367-23.6840.31210.25420282149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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