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- PDB-3gqu: Pyrococcus Horikoshii NOP5 RNA Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqu
タイトルPyrococcus Horikoshii NOP5 RNA Binding Domain
要素NOP5P PROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D methylation guide snoRNP complex / snoRNA binding
類似検索 - 分子機能
Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily ...Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Helix hairpin bin domain superfamily / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Nop domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reyes, F.E. / Hardin, J.W. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Analysis of a Critical Interaction within the Archaeal Box C/D Small Ribonucleoprotein Complex
著者: Hardin, J.W. / Reyes, F.E. / Batey, R.T.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NOP5P PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,50413
ポリマ－18,9811
非ポリマー1,52312
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.604, 73.604, 114.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NOP5P PROTEIN


分子量: 18981.275 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: NOP5P, PH0053 / プラスミド: PET41B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: O57810
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 500MM POTASSIUM IODIDE, 2% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.502 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月8日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.502 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.957→23.682 Å / Num. obs: 13956 / % possible obs: 84.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.8 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 4.944
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. measured all: 5530 / Num. unique all: 888 / Rsym value: 0.03971 / % possible all: 27

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.96 Å / D res low: 23.68 Å / FOM : 0.284 / FOM acentric: 0.307 / FOM centric: 0.179 / 反射: 19657 / Reflection acentric: 16159 / Reflection centric: 2922
Phasing dmFOM : 0.48 / FOM acentric: 0.47 / FOM centric: 0.51 / 反射: 19704 / Reflection acentric: 16781 / Reflection centric: 2923
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.6-23.6830.920.940.891109719390
3.5-5.60.90.920.831712526645
2.8-3.50.620.640.5239263312614
2.5-2.80.350.360.2838773361516
2.1-2.50.250.250.2361545496658
2-2.10.130.130.114671367100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→23.683 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.334 1142 10.01 %RANDOM
Rwork0.299 ---
obs0.302 11411 100 %-
all-11411 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.238 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 169.84 Å2 / Biso mean: 50.012 Å2 / Biso min: 25.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.998 Å20 Å20 Å2
2---5.998 Å20 Å2
3---11.996 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 12 58 881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5971126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.647268
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.6140.3931400.30112581398
2.614-2.7510.3561390.29112441383
2.751-2.9230.3531400.28312581398
2.923-3.1490.371400.28112591399
3.149-3.4650.3581410.27712731414
3.465-3.9640.2691420.24712801422
3.964-4.9860.2521460.23613121458
4.986-23.6840.3391540.31313851539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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