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万見
- PDB-3gqc: Structure of human Rev1-DNA-dNTP ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gqc
タイトルStructure of human Rev1-DNA-dNTP ternary complex
要素
  • 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
  • DNA repair protein REV1DNA修復
キーワードTRANSFERASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA synthesis (DNA合成) / DNA-binding / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Transferase (転移酵素) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA複製 ...deoxycytidyl transferase activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA複製 / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / DNA repair protein Rev1 / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 ...DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / DNA repair protein Rev1 / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Swan, M.K. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the human Rev1-DNA-dNTP ternary complex.
著者: Swan, M.K. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein REV1
B: DNA repair protein REV1
C: DNA repair protein REV1
D: DNA repair protein REV1
E: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
F: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
G: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
H: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
I: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
J: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
K: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
L: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,16729
ポリマ－257,98312
非ポリマー2,18517
水1,72996
1
A: DNA repair protein REV1
E: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
F: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0608
ポリマ－64,4963
非ポリマー5645
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA repair protein REV1
G: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
H: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0116
ポリマ－64,4963
非ポリマー5163
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA repair protein REV1
I: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
J: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0367
ポリマ－64,4963
非ポリマー5404
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA repair protein REV1
K: 5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'
L: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0608
ポリマ－64,4963
非ポリマー5645
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.436, 172.780, 129.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS THE PROTEIN-DNA COMPLEX SINGLE PROTEIN CHAIN WITH 12/16 PRIMER/TEMPLATE DNA AND INCOMING DCTP

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA repair protein REV1 / DNA修復 / Rev1-like terminal deoxycytidyl transferase / Alpha integrin-binding protein 80 / AIBP80


分子量: 55926.055 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-833 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REV1, REV1L / プラスミド: pTYB4SE110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9UBZ9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 EGIKFHJL

#2: DNA鎖
5'-D(*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*AP*(DOC))-3'


分子量: 3502.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: DNA鎖
5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3'


分子量: 5067.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

-
非ポリマー , 3種, 113分子

#4: 化合物
ChemComp-DCP / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dCTP / デオキシシチジン三リン酸


分子量: 467.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% PEG MME 5000, 400mM Sodium malonate pH 4.6, 100mM Ammonium sulfate, 200mM Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Water水11
2Water水12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月28日
詳細: Cryogenically cooled double crystal monochromator with horizontal focusing sagitally bent second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.07 Å / Num. obs: 72489 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9375 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AQ4

2aq4


解像度: 2.5→43.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 16.566 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.689 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26709 8037 10 %RANDOM
Rwork0.21353 ---
obs0.2189 72489 94.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-1.14 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13025 2276 125 96 15522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02215925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3432.14922039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.32651717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.87223.636550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.682152197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4361591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.26436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.210605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5811.58786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.998213680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32138805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1134.58359
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 555 -
Rwork0.326 5080 -
obs--88.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.19630.336-0.00831.2949-0.11790.5943-0.00470.0163-0.04550.00430.00470.03160.0306-0.03220-0.1176-0.01310.0102-0.14680.0063-0.1643-0.589-25.71699.3986
21.22320.03780.22811.648-0.09830.9807-0.0771-0.01470.0405-0.04720.10290.0604-0.0887-0.0932-0.0258-0.103-0.02930.0023-0.13290.027-0.094815.424220.288316.9756
32.53720.95540.38141.80020.08711.17090.1126-0.07170.22390.1951-0.00960.1795-0.191-0.1334-0.103-0.1576-0.01460.0359-0.1258-0.0094-0.134923.805953.029-50.6093
41.3042-0.05820.09181.0940.01481.1175-0.04750.0116-0.0141-0.0340.04860.01140.11630.0836-0.0011-0.0906-0.0171-0.0234-0.07220.0241-0.015614.16941.5911-47.7189
59.6593-3.23138.39883.5385-8.982122.80630.51070.99750.0696-0.1295-0.37950.10080.72331.4687-0.13120.00440.11230.07670.09210.00470.0935-8.6455-15.1348-4.0865
66.4797-1.39413.23490.9673-1.2683.8001-0.14220.57140.30990.00320.142-0.1037-0.2994-0.0370.0002-0.2284-0.0140.0318-0.1470.095-0.2134-2.0052-16.6629-1.2005
711.983-3.2621-7.0314.69099.09717.69280.1759-0.97540.8369-0.1760.9169-0.5471-0.25950.7193-1.0928-0.0029-0.0760.05070.0261-0.038-0.0297.014724.06733.6392
87.4016-3.0255-4.00451.72012.28974.0075-0.4024-0.52070.19010.3160.1426-0.13510.2929-0.10620.2598-0.0748-0.0040.0129-0.0283-0.1098-0.094913.673422.655630.7035
99.4782-0.3995-4.53532.27286.108318.57450.14371.2295-0.6466-0.4533-0.3116-0.198-0.5589-0.83970.16790.06830.1268-0.08070.0517-0.06950.077939.252137.083-68.8133
105.8904-1.1392-1.62461.44861.18182.63850.09020.8056-0.3712-0.22950.0728-0.21720.50020.0122-0.1630.0548-0.0227-0.05590.1313-0.03630.022132.564138.5234-65.9119
1111.2761-3.21676.27258.5342-12.28118.10750.2449-0.9151-0.8119-0.36430.74960.80330.3684-0.3473-0.99450.0284-0.0759-0.02760.01560.02520.037922.2979-2.1791-30.9729
127.1641-2.13253.50531.5673-1.43914.225-0.2309-0.7954-0.19780.25450.2370.1756-0.2244-0.0714-0.0061-0.16090.0080.0472-0.03190.1199-0.045715.7215-0.7608-33.9025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A348 - 375
2X-RAY DIFFRACTION1A417 - 463
3X-RAY DIFFRACTION1A502 - 825
4X-RAY DIFFRACTION2B348 - 375
5X-RAY DIFFRACTION2B417 - 463
6X-RAY DIFFRACTION2B502 - 825
7X-RAY DIFFRACTION3C348 - 375
8X-RAY DIFFRACTION3C417 - 463
9X-RAY DIFFRACTION4D348 - 375
10X-RAY DIFFRACTION4D417 - 463
11X-RAY DIFFRACTION4D502 - 825
12X-RAY DIFFRACTION5E1 - 12
13X-RAY DIFFRACTION6F1 - 16
14X-RAY DIFFRACTION7G1 - 12
15X-RAY DIFFRACTION8H1 - 16
16X-RAY DIFFRACTION9I1 - 12
17X-RAY DIFFRACTION10J1 - 16
18X-RAY DIFFRACTION11K1 - 12
19X-RAY DIFFRACTION12L1 - 16

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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