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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gpi | ||||||
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タイトル | Structure of putative NAD-dependent epimerase/dehydratase from methylobacillus flagellatus | ||||||
![]() | NAD-dependent epimerase/dehydratase | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / epimerase / dehydratase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramagopal, U.A. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of putative NAD-dependent epimerase/dehydratase from methylobacillus flagellatus 著者: Ramagopal, U.A. / Morano, C. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31779.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KT / DSM 6875 / 遺伝子: Mfla_2045 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 20% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月5日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 43343 / Num. obs: 43343 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 2.584 / Net I/σ(I): 29.129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.13 Å2 / Biso mean: 21.206 Å2 / Biso min: 10.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.44→1.48 Å / Total num. of bins used: 20
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