[日本語] English
万見
- PDB-3gp0: Crystal Structure of Human Mitogen Activated Protein Kinase 11 (p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gp0
タイトルCrystal Structure of Human Mitogen Activated Protein Kinase 11 (p38 beta) in complex with Nilotinib
要素Mitogen-activated protein kinase 11
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / mitogen-activated protein kinase 11 / P38B / P38BETA / PRKM11 / SAPK2 / SAPK2B / stress-activated protein kinase-2 / structural genomics consortium / SGC / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cardiac muscle cell proliferation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets ...negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / cardiac muscle cell proliferation / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cellular response to UV-B / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / p38MAPK cascade / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / positive regulation of interleukin-12 production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / osteoblast differentiation / cellular senescence / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nilotinib / Mitogen-activated protein kinase 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Fedorov, O. / Keates, T. / Soundararajan, M. / Elkins, J. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. ...Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Fedorov, O. / Keates, T. / Soundararajan, M. / Elkins, J. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / Muniz, J. / Roos, A. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Mitogen Activated Protein Kinase 11 (p38 beta) in complex with Nilotinib
著者: Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Fedorov, O. / Keates, T. / Soundararajan, M. / Elkins, J. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / Muniz, J. / Roos, A. / Chaikuad, A. ...著者: Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Fedorov, O. / Keates, T. / Soundararajan, M. / Elkins, J. / Salah, E. / Burgess-Brown, N. / Ugochukwu, E. / Pike, A.C.W. / Muniz, J. / Roos, A. / Chaikuad, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2009年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3794
ポリマ－39,7521
非ポリマー6273
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.940, 60.080, 148.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 11 / MAPK11 / Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / p38-2 / Stress- ...MAPK11 / Mitogen-activated protein kinase p38 beta / MAP kinase p38 beta / p38b / p38-2 / Stress-activated protein kinase 2


分子量: 39752.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK11, PRKM11, SAPK2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q15759, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NIL / Nilotinib / 4-methyl-N-[3-(4-methyl-1H-imidazol-1-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]-3-[(4-pyridin-3-ylpyrimidin-2-yl)amino]benzamide / ニロチニブ


分子量: 529.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H22F3N7O / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350 0.1M citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9253 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9253 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.51 Å / Num. all: 28422 / Num. obs: 28422 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4091 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.76 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.21 Å
Translation2.5 Å38.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble comprising of 2GTN, 1P38, 1LEZ, 1BMK, 3FC1

2gtn

1p38
PDB 未公開エントリ

1lez

1bmk

3fc1


解像度: 1.9→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.172 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.868 / SU B: 6.967 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / SU Rfree: 0.148 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1432 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all0.181 28350 --
obs0.181 28361 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.51 Å2 / Biso mean: 11.775 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 44 211 2898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222779
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9843776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6975335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78523.78127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12115475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.21520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.26131675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.43652706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8181104
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.286111067
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 115 -
Rwork0.246 1980 -
all-2095 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.042.55831.5095.01512.48482.2048-0.0952-0.12850.23530.03320.02380.358-0.0722-0.21530.07150.08060.03240.00510.11820.03130.0815.0362.64634.045
22.12240.0889-2.17210.4914-0.33114.20480.1632-0.17180.20.1731-0.03630.068-0.20880.1505-0.12690.08-0.0270.01590.0264-0.01070.083524.72861.51421.268
33.7883-0.10850.80891.3827-0.32881.4637-0.03310.2156-0.1834-0.11350.03590.10880.1087-0.0512-0.00280.0298-0.00790.00970.0224-0.00790.030921.47759.9960.447
42.9699-0.3226-0.90984.20510.74533.9834-0.14940.11230.0478-0.1127-0.0170.23770.0946-0.24130.16640.087-0.0203-0.03210.07430.07250.155812.37945.04930.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3A169 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4A321 - 348

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る