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万見
- PDB-3gnu: Toxin fold as basis for microbial attack and plant defense -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnu
タイトルToxin fold as basis for microbial attack and plant defense
要素25 kDa protein elicitor
キーワードTOXIN / phytopathogenic / oomycete
機能・相同性Necrosis inducing protein / Necrosis inducing protein (NPP1) / killing of cells of another organism / extracellular region / metal ion binding / GUANIDINE / 25 kDa protein elicitor
機能・相同性情報
生物種Pythium aphanidermatum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ottmann, C. / Luberacki, B. / Kuefner, I. / Koch, W. / Brunner, F. / Weyand, M. / Mattinen, L. / Pirhonen, M. / Anderluh, G. / Seitz, H.U. ...Ottmann, C. / Luberacki, B. / Kuefner, I. / Koch, W. / Brunner, F. / Weyand, M. / Mattinen, L. / Pirhonen, M. / Anderluh, G. / Seitz, H.U. / Nuernberger, T. / Oecking, C.
引用
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of an oomycete-derived Nep1-like protein.
著者: Luberacki, B. / Weyand, M. / Seitz, U. / Koch, W. / Oecking, C. / Ottmann, C.
履歴
登録2009年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5144
ポリマ－23,3601
非ポリマー1543
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.940, 51.940, 175.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11P-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 25 kDa protein elicitor / Nep1-like proteins


分子量: 23359.971 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pythium aphanidermatum (真核生物)
プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SPD4
#2: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 5.0M NaCl, 2% DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5418
シンクロトロンSLS X10SA20.97644, 0.97936, 0.96862
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2005年8月2日Osmic VariMaxHF mirror
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2005年10月23日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.976441
30.979361
40.968621
Reflection数: 143611 / Rmerge(I) obs: 0.072 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 27871 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
2.12.236249910.338
2.22.5772199.510.209
2.53697599.810.094
34554899.910.059
45198199.810.056
5686699.810.056
61093699.410.052
101517797.810.053
15254355.110.053
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 19827 / Num. obs: 19306 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 25.481 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. measured obs: 10994 / Num. unique all: 2501 / Num. unique obs: 2501 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→24.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.161 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 965 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 19294 100 %-
all-19825 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.39 Å2 / Biso mean: 20.16 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.82 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 9 234 1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.9352399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9275229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80625.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92415272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.883155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021387
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.51113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28821762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1083742
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0554.5629
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 62 -
Rwork0.221 1188 -
all-1250 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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