PDB-3gnu: Toxin fold as basis for microbial attack and plant defense

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gnu

タイトル

Toxin fold as basis for microbial attack and plant defense

要素

25 kDa protein elicitor

キーワード

TOXIN / phytopathogenic / oomycete

機能・相同性

Necrosis inducing protein / Necrosis inducing protein (NPP1) / killing of cells of another organism / metal ion binding / GUANIDINE / 25 kDa protein elicitor

機能・相同性情報

生物種

Pythium aphanidermatum (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ottmann, C. / Luberacki, B. / Kuefner, I. / Koch, W. / Brunner, F. / Weyand, M. / Mattinen, L. / Pirhonen, M. / Anderluh, G. / Seitz, H.U. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A common toxin fold mediates microbial attack and plant defense
著者: Ottmann, C. / Luberacki, B. / Kufner, I. / Koch, W. / Brunner, F. / Weyand, M. / Mattinen, L. / Pirhonen, M. / Anderluh, G. / Seitz, H.U. / Nurnberger, T. / Oecking, C.

履歴

登録	2009年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gnu.cif.gz	57.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gnu.ent.gz	44.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gnu_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gnu_full_validation.pdf.gz	438.4 KB	表示
XML形式データ	3gnu_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3gnu_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/3gnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gnzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ui0-d 3a7x-d 2hcu-d 5nnw-1 2zq1-d 3atl-d 1gi5-d 3plk-d 5nnw-3 6b6t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

P: 25 kDa protein elicitor

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.940, 51.940, 175.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	P-416- HOH

#1: タンパク質	25 kDa protein elicitor / Nep1-like proteins 分子量: 23359.971 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-234 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pythium aphanidermatum (真核生物) プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9SPD4
#2: 化合物	ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン分子量: 59.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅N₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 5.0M NaCl, 2% DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
シンクロトロン	SLS	X10SA		2	0.97644, 0.97936, 0.96862

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MAR scanner 345 mm plate	1	IMAGE PLATE	2005年8月2日	Osmic VariMaxHF mirror
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年10月23日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD		x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97644	1
3	0.97936	1
4	0.96862	1

Reflection

数: 143611 / R_merge(I) obs: 0.072 / D res high: 2.1 Å / Num. obs: 27871 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.1	2.2	3624	99	1	0.338
2.2	2.5	7721	99.5	1	0.209
2.5	3	6975	99.8	1	0.094
3	4	5548	99.9	1	0.059
4	5	1981	99.8	1	0.056
5	6	866	99.8	1	0.056
6	10	936	99.4	1	0.052
10	15	177	97.8	1	0.053
15	25	43	55.1	1	0.053

反射

解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 19827 / Num. obs: 19306 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.481 Å² / R_merge(I) obs: 0.044

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. measured obs: 10994 / Num. unique all: 2501 / Num. unique obs: 2501 / R_sym value: 0.331 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→24.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.161 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	965	5 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.181	19294	100 %	-
all	-	19825	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.39 Å² / B_iso mean: 20.16 Å² / B_iso min: 7.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.195 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1687	0	9	234	1930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.935	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.927	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.806	25.125	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.924	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.883	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.255	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.796	1.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.288	2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.108	3	742
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.055	4.5	629

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	62	-
R_work	0.221	1188	-
all	-	1250	-
obs	-	-	100 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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