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- PDB-3gnl: Structure of uncharacterized protein (LMOf2365_1472) from Listeri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnl
タイトルStructure of uncharacterized protein (LMOf2365_1472) from Listeria monocytogenes serotype 4b
要素uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472
キーワードstructural genomics / unknown function / uncharacterized protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Helix Hairpins - #1890 / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of uncharacterized protein (LMOf2365_1472) from Listeria monocytogenes serotype 4b
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472
B: uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2302
ポリマ－55,2302
非ポリマー00
水8,269459
1
A: uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6151
ポリマ－27,6151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6151
ポリマ－27,6151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.273, 84.802, 91.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Unknown

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein, DUF633, LMOf2365_1472


分子量: 27614.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア)
遺伝子: LMOf2365_1472 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71ZL7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.5, 30% PEG 6K , 0.2M Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 81636 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.413 / Net I/σ(I): 34.284
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.558.10.48780770.918100
1.55-1.628.60.39180400.947100
1.62-1.6990.29480810.987100
1.69-1.7810.20.22281111.06100
1.78-1.89130.16880881.206100
1.89-2.0413.10.11381461.415100
2.04-2.2413.10.08781461.653100
2.24-2.56130.08181721.791100
2.56-3.2312.90.07782771.854100
3.23-4011.90.0784981.69799.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4位相決定
精密化解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 1.396 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.079 / SU Rfree: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4088 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 81539 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.72 Å2 / Biso mean: 24.724 Å2 / Biso min: 10.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 0 459 4200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6411.955193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5385494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.01425.723173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02715719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8061519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.48422370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38833856
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1721447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.43731326
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 274 -
Rwork0.271 5666 -
all-5940 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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