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- PDB-3gnb: Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gnb
タイトルCrystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
  • V(D)J recombination-activating protein 1
キーワードRECOMBINATION / vdj recombination / DNA recombination / DNA-binding / Endonuclease / Hydrolase / Metal-binding / Nuclease / Nucleus / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-B cell allelic exclusion / regulation of behavioral fear response / V(D)J recombination / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / T cell homeostasis / protein autoubiquitination / B cell differentiation ...pre-B cell allelic exclusion / regulation of behavioral fear response / V(D)J recombination / negative regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / T cell homeostasis / protein autoubiquitination / B cell differentiation / thymus development / visual learning / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / T cell differentiation in thymus / endonuclease activity / DNA recombination / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / histone binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #510 / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase ...Helix Hairpins - #510 / Recombination-activating protein 1 zinc-finger domain / V(D)J recombination-activating protein 1, Zinc finger / RAG nonamer-binding domain / NBD domain profile. / Zinc finger RAG1-type profile. / V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG1 importin-binding / RAG1 importin binding / Recombination-activation protein 1 (RAG1), recombinase / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Helix Hairpins / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Ring finger / Helix non-globular / Special / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / V(D)J recombination-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yin, F.F. / Bailey, S. / Innis, C.A. / Steitz, T.A. / Schatz, D.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the RAG1 nonamer binding domain with DNA reveals a dimer that mediates DNA synapsis.
著者: Yin, F.F. / Bailey, S. / Innis, C.A. / Ciubotaru, M. / Kamtekar, S. / Steitz, T.A. / Schatz, D.G.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V(D)J recombination-activating protein 1
D: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3573
ポリマ－19,3573
非ポリマー00
水1448
1
A: V(D)J recombination-activating protein 1
D: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3'

A: V(D)J recombination-activating protein 1
D: 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7146
ポリマ－38,7146
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.470, 97.470, 69.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: DA / Beg label comp-ID: DA / End auth comp-ID: DC / End label comp-ID: DC / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 14 / Label seq-ID: 1 - 14

Dom-IDBeg label alt-IDEnd label alt-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AADB
2BBEC

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要素

#1: タンパク質 V(D)J recombination-activating protein 1 / RAG-1


分子量: 10805.378 Da / 分子数: 1 / 断片: Nonamer binding domain: UNP residues 389-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rag1, Rag-1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15919
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*C)-3'


分子量: 4247.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4303.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2PEG 40012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月17日
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 3382 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3GNA

3gna


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 52.263 / SU ML: 0.377 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Bijvoet pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26739 158 4.5 %RANDOM
Rwork0.24165 ---
obs0.24272 3382 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数553 548 0 8 1109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0211175
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0712.5471691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89931647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.592569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.44522.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.23415117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.679159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2090.2437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0580.217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.091.5451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0161.5139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.1122538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.08221137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.122.51152
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Ens-ID: 1 / 数: 280 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.17
loose thermal0.2110
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.441 10 -
Rwork0.332 235 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6225-1.0279-0.25275.00285.11565.30680.5263-1.3833-0.99340.5772-0.17890.4436-0.16161.0468-0.34740.2620.58790.06220.1139-0.0206-0.062848.712413.6212-0.0282
27.1005-2.9627-2.51064.84552.0636.8334-0.0785-0.3068-0.59480.41060.15610.16530.3030.23-0.07760.07060.0369-0.042-0.04560.0849-0.247928.123524.0105-0.8618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1E1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION2A389 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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