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- PDB-3gn5: Structure of the E. coli protein MqsA (YgiT/b3021) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gn5
タイトルStructure of the E. coli protein MqsA (YgiT/b3021)
要素(HTH-type transcriptional regulator MQSA (YGIT/b3021)) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Zn-binding protein / HTH-XRE DNA binding motif / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Brown, B.L. / Arruda, J.M. / Peti, W. / Page, R.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Three dimensional structure of the MqsR:MqsA complex: a novel TA pair comprised of a toxin homologous to RelE and an antitoxin with unique properties.
著者: Brown, B.L. / Grigoriu, S. / Kim, Y. / Arruda, J.M. / Davenport, A. / Wood, T.K. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2009年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator MQSA (YGIT/b3021)
B: HTH-type transcriptional regulator MQSA (YGIT/b3021)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0845
ポリマ－29,8612
非ポリマー2233
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.054, 30.965, 75.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator MQSA (YGIT/b3021)


分子量: 14923.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Escherichia coli str. K12 / 遺伝子: b3021, JW2989, ygiT / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q46864
#2: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator MQSA (YGIT/b3021)


分子量: 14937.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Escherichia coli str. K12 / 遺伝子: ygiT, b3021, JW2989 / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q46864
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月8日 / 詳細: toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si (111) channel cut monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 15447 / Num. obs: 15349 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / Num. unique all: 759 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3GA8 and 3FMY

3ga8

3fmy


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.417 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23339 764 5 %RANDOM
Rwork0.18201 ---
all0.18475 14577 --
obs0.18475 14577 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å2-0.17 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 8 153 2213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.9682818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2275261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.69423.66790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00915382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0831514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.140.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.68331350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.363529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61552113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.28819
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.79511705
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.202 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 44 -
Rwork0.191 1034 -
obs--95.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.495-0.10220.14780.93730.20120.10270.07220.0125-0.0046-0.0897-0.05020.0856-0.0182-0.0749-0.0221-0.023-0.0099-0.0013-0.0293-0.0022-0.0356-6.4566-9.4604-4.3214
20.39930.0372-0.03030.0041-0.03241.4374-0.02210.0088-0.02870.0119-0.01320.0156-0.0384-0.07460.03530.02390.02350.016-0.0570.0005-0.0343-11.72114.841626.8434
30.44850.14440.35730.8478-0.58620.89830.0710.092-0.0652-0.0073-0.1314-0.03330.01590.08030.0604-0.05650.0104-0.00070.03320.0033-0.035-37.0754-12.066242.1484
44.5130.09250.70761.0783-0.41090.8606-0.3206-0.00410.0339-0.24680.26670.0861-0.177-0.28050.05390.0760.07930.0087-0.03030.0141-0.0896-23.237611.465617.9351
55.43561.93861.11922.6226-0.64165.6223-0.5210.8015-0.0289-0.57790.5184-0.1469-0.1975-0.32010.00260.1029-0.07780.01210.08580.0351-0.1747-25.79737.69689.1168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 69
4X-RAY DIFFRACTION4B70 - 73
5X-RAY DIFFRACTION4B108 - 131
6X-RAY DIFFRACTION5B74 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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