[日本語] English
万見
- PDB-3glc: Crystal Structure of E. coli LsrF in complex with Ribose-5-phosphate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3glc
タイトルCrystal Structure of E. coli LsrF in complex with Ribose-5-phosphate
要素Aldolase lsrF
キーワードLYASE / TIM barrel / Schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxy-5-phosphooxypentane-2,4-dione thiolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase / Aldolase FbaB-like, archaeal-type / : / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBOSE-5-PHOSPHATE / 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Miller, S.T. / Diaz, Z.C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of the Escherichia coli autoinducer-2 processing protein LsrF.
著者: Diaz, Z. / Xavier, K.B. / Miller, S.T.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aldolase lsrF
B: Aldolase lsrF
C: Aldolase lsrF
D: Aldolase lsrF
E: Aldolase lsrF
F: Aldolase lsrF
G: Aldolase lsrF
H: Aldolase lsrF
I: Aldolase lsrF
J: Aldolase lsrF
K: Aldolase lsrF
L: Aldolase lsrF
M: Aldolase lsrF
N: Aldolase lsrF
O: Aldolase lsrF
P: Aldolase lsrF
Q: Aldolase lsrF
R: Aldolase lsrF
S: Aldolase lsrF
T: Aldolase lsrF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)651,04540
ポリマ－646,44320
非ポリマー4,60220
水6,017334
1
A: Aldolase lsrF
B: Aldolase lsrF
C: Aldolase lsrF
D: Aldolase lsrF
E: Aldolase lsrF
F: Aldolase lsrF
G: Aldolase lsrF
H: Aldolase lsrF
I: Aldolase lsrF
J: Aldolase lsrF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,52320
ポリマ－323,22110
非ポリマー2,30110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area57840 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area82660 Å2
手法PISA
2
K: Aldolase lsrF
L: Aldolase lsrF
M: Aldolase lsrF
N: Aldolase lsrF
O: Aldolase lsrF
P: Aldolase lsrF
Q: Aldolase lsrF
R: Aldolase lsrF
S: Aldolase lsrF
T: Aldolase lsrF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,52320
ポリマ－323,22110
非ポリマー2,30110
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area57890 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area82640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.352, 105.451, 173.415
Angle α, β, γ (deg.)89.51, 79.79, 90.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -99999 - 99999 / Label seq-ID: -99999 - 99999

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
13MM
14NN
15OO
16PP
17QQ
18RR
19SS
20TT
詳細biological unit is a decamer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (Chains ABCDEFGHIJ and chains KLMNOPQRST)

-
要素

#1: タンパク質
Aldolase lsrF


分子量: 32322.145 Da / 分子数: 20 / 断片: Uncharacterized aldolase LsrF / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1517, JW1510, lsrF, yneB / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P76143, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 糖
ChemComp-R5P / RIBOSE-5-PHOSPHATE / D-リボ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 4% PEG 400, 100 mM MgCl2, 2.3 M Ammonium Sulfate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55.73 Å / Num. all: 327170 / Num. obs: 154484 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 18764 / % possible all: 67.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GKF

3gkf


解像度: 2.5→55.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.208 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.837 / SU B: 10.846 / SU ML: 0.238 / SU Rfree: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.405 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 6338 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.206 127454 --
obs0.206 127454 67.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.88 Å2 / Biso mean: 35.975 Å2 / Biso min: 5.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.42 Å2-1.47 Å2-0.47 Å2
2--1.71 Å22.8 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42260 0 280 334 42874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02243280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.96558560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.57955480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89623.8711860
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.675157380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.07515320
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.26580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02132380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8371.527380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.802244020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.239315900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0044.514540
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2127 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
ATIGHT POSITIONAL0.050.05
BTIGHT POSITIONAL0.050.05
CTIGHT POSITIONAL0.050.05
DTIGHT POSITIONAL0.050.05
ETIGHT POSITIONAL0.050.05
FTIGHT POSITIONAL0.050.05
GTIGHT POSITIONAL0.050.05
HTIGHT POSITIONAL0.050.05
ITIGHT POSITIONAL0.060.05
JTIGHT POSITIONAL0.050.05
KTIGHT POSITIONAL0.050.05
LTIGHT POSITIONAL0.050.05
MTIGHT POSITIONAL0.050.05
NTIGHT POSITIONAL0.050.05
OTIGHT POSITIONAL0.050.05
PTIGHT POSITIONAL0.050.05
QTIGHT POSITIONAL0.050.05
RTIGHT POSITIONAL0.050.05
STIGHT POSITIONAL0.050.05
TTIGHT POSITIONAL0.050.05
ATIGHT THERMAL0.120.5
BTIGHT THERMAL0.110.5
CTIGHT THERMAL0.110.5
DTIGHT THERMAL0.120.5
ETIGHT THERMAL0.130.5
FTIGHT THERMAL0.120.5
GTIGHT THERMAL0.110.5
HTIGHT THERMAL0.130.5
ITIGHT THERMAL0.120.5
JTIGHT THERMAL0.120.5
KTIGHT THERMAL0.110.5
LTIGHT THERMAL0.110.5
MTIGHT THERMAL0.110.5
NTIGHT THERMAL0.120.5
OTIGHT THERMAL0.110.5
PTIGHT THERMAL0.120.5
QTIGHT THERMAL0.110.5
RTIGHT THERMAL0.110.5
STIGHT THERMAL0.120.5
TTIGHT THERMAL0.120.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 267 -
Rwork0.342 5138 -
all-5405 -
obs--38.56 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る