PDB-3gkh: NPC1(NTD)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gkh

タイトル

NPC1(NTD)

要素

Niemann-Pick C1 protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / cholesterol / cholesterol transfer / Disease mutation / Endosome / Glycoprotein / Lysosome / Membrane / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / lipid transporter activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cholesterol transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Kwon, H.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structure of N-terminal domain of NPC1 reveals distinct subdomains for binding and transfer of cholesterol.
著者: Kwon, H.J. / Abi-Mosleh, L. / Wang, M.L. / Deisenhofer, J. / Goldstein, J.L. / Brown, M.S. / Infante, R.E.

履歴

登録	2009年3月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年10月20日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gkh.cif.gz	61.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gkh.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3gkh_validation.pdf.gz	768.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3gkh_full_validation.pdf.gz	770.5 KB	表示
XML形式データ	3gkh_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	3gkh_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/3gkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gkiC 3gkjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gkj-d 3n35-d 5zyl-d 3gj8-1 3h3t-2 6igo-3 3gki-d 3h3s-2 4n2o-3 2giz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Niemann-Pick C1 protein

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.181, 66.181, 82.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質

Niemann-Pick C1 protein

分子量: 25738.939 Da / 分子数: 1 / 変異: N70Q, N122Q, N185Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O15118

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM MES Acid, 30 mM Glycine, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 18538 / % possible obs: 98.1 % / R_merge(I) obs: 0.08
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0037 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.81→30.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.353 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22082	956	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17987	-	-	-
obs	0.18189	17455	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.011 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→30.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1749	0	54	95	1898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.374	1.989	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.501	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.769	25.909	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.583	15	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.941	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.821	1.5	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.375	2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.358	3	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.612	4.5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.81→1.853 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	59	-
R_work	0.209	1196	-
obs	-	-	98.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.846	-0.2936	-0.095	1.0405	0.3063	1.5559	-0.0364	0.0329	-0.1405	0.0228	-0.0055	0.1465	0.0855	-0.0908	0.0419	-0.0845	0.001	-0.005	-0.0712	-0.0019	-0.0513	-32.1388	-32.7046	4.4414
2	3.1476	1.2301	-2.577	10.4524	-5.2785	4.5505	-0.0687	0.6277	-0.4698	-0.8013	0.102	0.0605	0.7991	-0.3222	-0.0333	0.1585	-0.0209	-0.047	0.0745	-0.1452	-0.0157	-28.2273	-43.8992	-14.2141
3	36.3433	0.917	-9.5778	2.4491	-6.101	22.6776	0.0377	-0.9805	-0.1196	-0.1064	0.9302	0.2164	-0.0885	-1.2837	-0.9679	-0.0582	0.0605	0.0399	0.4712	-0.0395	0.0159	-48.9618	-22.9656	23.8576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	139 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 3
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	228 - 247
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	129 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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