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- PDB-3gju: Crystal structure of a putative aminotransferase (mll7127) from m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gju
タイトルCrystal structure of a putative aminotransferase (mll7127) from mesorhizobium loti maff303099 at 1.55 A resolution
要素Putative aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Pyridoxal phosphate / plp-dependent transferase-like fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Putative aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative aminotransferase (NP_107505.1) from Mesorhizobium loti at 1.55 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9424
ポリマ－50,4581
非ポリマー4833
水8,251458
1
A: Putative aminotransferase
ヘテロ分子

A: Putative aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8838
ポリマ－100,9162
非ポリマー9676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area10750 Å2
ΔGint-74.6 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.224, 59.577, 85.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-496-

HOH

詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT A DIMER IS THE STABLE OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Putative aminotransferase


分子量: 50458.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mll7127, NP_107505.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q987B2
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: NANODROP, 59.1% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Bicine pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97941, 0.97954
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月18日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979411
30.979541
反射解像度: 1.55→28.33 Å / Num. obs: 61448 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.794 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.610.521.51423811275185.2
1.61-1.670.4181.91307710381190.7
1.67-1.750.3372.41484211791191.2
1.75-1.840.2333.31370510954191.9
1.84-1.950.1654.61362810919192.5
1.95-2.10.1026.71430011479192.9
2.1-2.310.0679.71434411566193.3
2.31-2.650.05212.21471811856194.2
2.65-3.330.03218.31430111558194.2
3.33-28.330.01828.81462611810194.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→28.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.26 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5. PYRIDOXAL PHOSPHATE IN DUAL CONFORMATION AS FREE PLP AND COVALENTLY ATTACHED TO LYS289 (LLP) HAS BEEN MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE BASED ON DIFFERENCE DENSITY AND OMIT MAPS AND STRUCTURAL SIMILARITY TO PLP-DEPENDENT AMINOTRANSFERASES. 6. RESIDUE ALA288 IS PRESENT IN THE VICINITY OF THE PUTATIVE ACTIVE SITE AND IS A RAMACHANDRAN OUTLIER. THIS COULD HAVE SOME FUNCTIONAL SIGNIFICANCE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 3122 5.1 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs0.14 61444 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.16 Å2 / Biso mean: 14.405 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å2-0.49 Å2
2--1.33 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 0 32 458 3977
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223697
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9635043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9936008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0365490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.83323.742155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73615596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.411521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45332311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4713965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14153709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72381386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.059111318
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 227 -
Rwork0.248 4065 -
all-4292 -
obs--94.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4846 Å / Origin y: 18.6939 Å / Origin z: 21.9808 Å
111213212223313233
T0.0055 Å20.001 Å20.0047 Å2-0.0149 Å20.0056 Å2--0.0117 Å2
L0.2474 °20.0717 °20.098 °2-0.1991 °2-0.0059 °2--0.2405 °2
S-0.0195 Å °0.0212 Å °-0.0061 Å °-0.0213 Å °0.0229 Å °0.0066 Å °-0.0128 Å °-0.0289 Å °-0.0034 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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