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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gjj | ||||||||||||||||||
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タイトル | crystal structure of a DNA duplex containing 7,8-dihydropyridol[2,3-d]pyrimidin-2-one | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / duplex / bicyclic cytosine / 7 / 8-dihydropyridol[2 / 3-d]pyrimidin-2-one | 機能・相同性 | Chem-HT / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | データ登録者 | Takenaka, A. / Juan, E.C.M. / Shimizu, S. / Haraguchi, T. / Xiao, M. / Kurose, T. / Ohkubo, A. / Sekine, M. / Shibata, T. / Millington, C.L. / Williams, D.M. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Insights into the stabilizing contributions of bicyclic cytosine analogues: crystal structures of DNA duplexes containing 7,8-dihydropyridol[2,3-d]pyrimidin-2-one 著者: Takenaka, A. / Juan, E.C.M. / Shimizu, S. / Haraguchi, T. / Xiao, M. / Kurose, T. / Ohkubo, A. / Sekine, M. / Shibata, T. / Millington, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gjj.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gjj.ent.gz | 16.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3gjj_validation.pdf.gz | 568 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3gjj_full_validation.pdf.gz | 567.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3gjj_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3gjj_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gjj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3686.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.60mM ssDNA, 20mM Sodium cacodylate (pH6.0), 6mM Spermine tetrahydrochloride, 40mM Potassium chloride, 6mM Sodium chloride, 0.2% CHAPS, 0.30mM Hoechst33258, 5% MPD , VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: 0.60mM ssDNA, 20mM Sodium cacodylate (pH6.0), 6mM Spermine tetrahydrochloride, 40mM Potassium chloride, 6mM Sodium chloride, 0.2% CHAPS, 0.30mM Hoechst33258, 5% MPD , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月26日 / 詳細: Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 1714 / Num. obs: 1714 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 69.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Num. unique all: 169 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DNH 解像度: 2.9→9.9 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
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原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→9.9 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å
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