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万見
- PDB-3gjb: CytC3 with Fe(II) and alpha-ketoglutarate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gjb
タイトルCytC3 with Fe(II) and alpha-ketoglutarate
要素CytC3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / CytC3 / halogenase / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorinating enzyme / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / CytC3
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wong, C. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of an open active site conformation of nonheme iron halogenase CytC3
著者: Wong, C. / Fujimori, D.G. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2009年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CytC3
B: CytC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,18417
ポリマ－72,9692
非ポリマー1,21415
水3,909217
1
A: CytC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1068
ポリマ－36,4851
非ポリマー6217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CytC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0789
ポリマ－36,4851
非ポリマー5938
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: CytC3
B: CytC3
ヘテロ分子

A: CytC3
B: CytC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,36734
ポリマ－145,9384
非ポリマー2,42930
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area17800 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area37450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.988, 88.988, 248.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CytC3


分子量: 36484.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: pSPHE02 / 遺伝子: cytC3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX22*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 232分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 2.8 M sodium acetate trihydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: INTER-IMAGE DEAD TIME 5S
放射モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50583 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / % possible all: 81.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 4978 9.6 %
Rwork0.227 --
obs0.227 49189 95.1 %
溶媒の処理Bsol: 62.81 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 48.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.263 Å20 Å20 Å2
2---10.263 Å20 Å2
3---20.525 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4239 0 74 217 4530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2861.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9492.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1Fe_Cytc3_repCLD.par
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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