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- PDB-3gfh: Crystal structure of EUTL shell protein of the bacterial ethanola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gfh
タイトルCrystal structure of EUTL shell protein of the bacterial ethanolamine micrompartment
要素Ethanolamine utilization protein eutL
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial mircocompartment / shell protein / ethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / structural molecule activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein, EutL/PduB type / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits ...Bacterial microcompartment shell protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein, EutL/PduB type / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterial microcompartment shell protein EutL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sagermann, M. / Nikolakakis, K. / Ohtaki, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the EutL shell protein of the ethanolamine ammonia lyase microcompartment
著者: Sagermann, M. / Ohtaki, A. / Nikolakakis, K.
履歴
登録2009年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutL
B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6684
ポリマ－47,2672
非ポリマー4012
水3,081171
1
A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5036
ポリマ－70,9013
非ポリマー6023
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
2
B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5036
ポリマ－70,9013
非ポリマー6023
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area23080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.384, 67.384, 79.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein eutL


分子量: 23633.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2439, EUT-L, eutL, JW2432, yffJ / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P76541
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 2M Nacl, 100mM phosphate, MES buffer pH6.5, 5% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: SI-MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.575
11K, H, -L20.425
反射解像度: 1.95→19.95 Å / Num. obs: 51500 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.95→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 4.46 / % possible all: 74.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
ANDXDSデータ削減
ANDSCALEITデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: MODEL WAS DERIVED FROM FITTING INTO A 3.5 A SAD DENSITY DERIVED FROM TWO MERCURY ATOMS.

解像度: 2.2→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 9.162 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST TWINNED DATA AS PUBLISHED. The data is hemohedral twinning with twinning operators: (h,-h-k,-l) and corresponding twinned fractions: 0.575, 0.425. RESIDUES 2- ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED AGAINST TWINNED DATA AS PUBLISHED. The data is hemohedral twinning with twinning operators: (h,-h-k,-l) and corresponding twinned fractions: 0.575, 0.425. RESIDUES 2-216 COULD BE FITTED RELIABLY INTO THE ELECTRON DENSITY MAP. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2944 7.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 34866 100 %-
all-41108 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.85 Å20 Å20 Å2
2---10.85 Å20 Å2
3---21.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3118 0 2 171 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2891.9694383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87936820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.135428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59424.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.37215456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.0121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9351.52150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1881.5862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.60623437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63231050
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1624.5946
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 215 -
Rwork0.265 2503 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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