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- PDB-3g9r: Structure of the HIV-1 gp41 Membrane-Proximal Ectodomain Region i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g9r
タイトルStructure of the HIV-1 gp41 Membrane-Proximal Ectodomain Region in a Putative Prefusion Conformation
要素Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
キーワードVIRAL PROTEIN / gp41 / MPER / HIV-1 / membrane fusion / AIDS / Apoptosis / Cell membrane / Coiled coil / Envelope protein / Fusion protein / Host-virus interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family ...nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / cellular response to amino acid starvation / host cell endosome membrane / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / viral protein processing / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / chromatin binding / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein ...Single helix bin / : / Basic region leucine zipper / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / General control transcription factor GCN4 / Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, J. / Lu, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of the HIV-1 gp41 Membrane-Proximal Ectodomain Region in a Putative Prefusion Conformation.
著者: Liu, J. / Deng, Y. / Dey, A. / Moore, J. / Lu, M.
履歴
登録2009年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
B: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
C: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
D: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
E: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
F: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,91319
ポリマ－32,4926
非ポリマー1,42013
水1,40578
1
A: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
B: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
C: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,33513
ポリマ－16,2463
非ポリマー1,08910
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area8750 Å2
手法PISA
2
D: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
E: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
F: Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5776
ポリマ－16,2463
非ポリマー3313
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.527, 48.157, 81.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4


分子量: 5415.377 Da / 分子数: 6
断片: C-terminal MPER of HIV-1 GP41, Leucine-zipper domain of GCN4
変異: L27K, N30I, Y31K, H32R, L33I, V37I, A38K, L40I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4QX39, UniProt: P03069, UniProt: P03377*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.1M sodium HEPES, 0.1M ammonium dihydrogenphosphate, 50% MPD, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.6 Å / Num. all: 22010 / Num. obs: 22010 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2171 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GCM

1gcm


解像度: 2→19.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.784 / SU ML: 0.155
Isotropic thermal model: Isotropic with TLS groups assigned for each protein chain
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26908 1110 5 %RANDOM
Rwork0.21347 ---
all0.21636 22010 --
obs0.21636 22010 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å2-0.58 Å2
2--2.96 Å20 Å2
3----4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2241 0 25 142 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0291.9443215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7955238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85823.945109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.90315494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.191512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.21622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3841.51277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12521988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44131418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4464.51227
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 70 -
Rwork0.288 1472 -
obs-1542 96.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2163-1.39245.33543.6545-8.561230.8846-0.03890.00080.11210.235-0.2357-0.1787-0.75761.09790.2746-0.2518-0.11030.0318-0.1055-0.0219-0.13116.7025.71613.575
21.22320.11253.96631.4639-4.275331.2792-0.0282-0.1144-0.06440.04620.03620.0672-0.19520.083-0.008-0.32340.0773-0.0346-0.2293-0.0493-0.0916-0.561-1.74513.452
31.52830.1305-0.2223.1648-8.091223.5851-0.06640.082-0.18650.05210.25830.0510.71650.1741-0.1919-0.11860.158-0.0412-0.0802-0.1367-0.11999.52-4.36711.843
42.36622.2086.04396.523114.160934.3643-0.1790.09540.1698-0.4625-0.21490.2164-1.4664-0.46980.3939-0.22390.1134-0.0045-0.09710.0285-0.132-20.611.70612.303
51.3013-0.3867-2.595.29411.471732.73050.1539-0.0529-0.09580.2813-0.19060.08040.3249-0.38930.0367-0.2513-0.0209-0.0181-0.2660.0361-0.1101-15.4452.46315.546
61.57070.81390.93311.95455.40333.7861-0.01980.14840.1948-0.13720.2057-0.112-0.61480.4642-0.1859-0.24550.01890.0562-0.21390.0451-0.0456-10.00211.12212.143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 42
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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