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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g9d | ||||||
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タイトル | Crystal structure glycohydrolase | ||||||
![]() | Dinitrogenase reductase activating glucohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / nitrogenase / DraG / ADP-ribosylation / posttranslational modification | ||||||
機能・相同性 | ![]() ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, X.-D. / Winkler, F.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Dinitrogenase Reductase-activating Glycohydrolase (DRAG) Reveals Conservation in the ADP-Ribosylhydrolase Fold and Specific Features in the ADP-Ribose-binding Pocket 著者: Li, X.-D. / Huergo, L.F. / Gasperina, A. / Pedrosa, F.O. / Merrick, M. / Winkler, F.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cwcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32442.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: FP2 / 遺伝子: draG / プラスミド: pLHPET / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A7XNI2, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Hepes, pH7.5, 15% PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月29日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 24409 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CWC 解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 10.707 / SU ML: 0.232 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.483 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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