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- PDB-3g7n: Crystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g7n
タイトルCrystal Structure of a Triacylglycerol Lipase from Penicillium Expansum at 1.3
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Triacylglycerol lipase / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium expansum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Edward, J.M. / Lin, L. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Huang, M.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of a triacylglycerol lipase from Penicillium expansum at 1.3 A determined by sulfur SAD
著者: Bian, C.B. / Yuan, C. / Chen, L.Q. / Meehan, E.J. / Jiang, L.G. / Huang, Z.X. / Lin, L. / Huang, M.D.
履歴
登録2009年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,88113
ポリマ－54,6322
非ポリマー1,24911
水6,449358
1
A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1359
ポリマ－27,3161
非ポリマー8198
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7464
ポリマ－27,3161
非ポリマー4303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.270, 88.270, 126.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Lipase / Triacylglycerol Lipase


分子量: 27315.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium expansum (菌類) / 遺伝子: PEL / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q9HFW6, UniProt: Q7LST4*PLUS, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細WILD TYPE PROTEIN WAS USED IN THE STUDY. THE SEQUENCE OBTAINED IN THE STRUCTURE IS RELIABLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: AS, PEG400, pH 8.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11.9
シンクロトロンAPS 22-ID21
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2006年3月26日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2006年10月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.91
211
Reflection冗長度: 13.4 % / Av σ(I) over netI: 40.13 / 数: 1656937 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.89 / D res high: 1.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.85099.310.0381.09913
2.222.810010.0520.91113.9
1.942.2210010.0670.9214.1
1.761.9410010.0811.02814.1
1.641.7610010.121.08214.1
1.541.6410010.1620.93913.8
1.461.5410010.2260.83113.7
1.41.4610010.3240.72913.7
1.351.410010.4340.67613.1
1.31.3510010.5160.61510.7
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 123399 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 40.13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.3-1.3510.70.5161,2100
1.35-1.413.10.4341,2100
1.4-1.4613.70.3241,2100
1.46-1.5413.70.2261,2100
1.54-1.6413.80.1621,2100
1.64-1.7614.10.121,2100
1.76-1.9414.10.0811,2100
1.94-2.2214.10.0671,2100
2.22-2.813.90.0521,2100
2.8-50130.0381,299.3

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.707 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20784 6161 5 %RANDOM
Rwork0.18801 ---
obs0.189 116585 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→39.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 76 358 4234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.9555409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.035516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94924.027149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89515592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.0212957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.080.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.651.52548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64724096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93731433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.634.51313
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 454 -
Rwork0.301 8495 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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