PDB-3g7g: Crystal structure of the protein with unknown function from Clost...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g7g

タイトル

Crystal structure of the protein with unknown function from Clostridium acetobutylicum ATCC 824

要素

UPF0311 protein CA_C3321

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein with unknown fuction / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0311 / Protein of unknown function (DUF3237) / Porin - #20 / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / UPF0311 protein CA_C3321

機能・相同性情報

生物種

Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein with unknown function from Clostridium acetobutylicum ATCC 824
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g7g.cif.gz	463.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g7g.ent.gz	386.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g7g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g7g_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g7g_full_validation.pdf.gz	502.6 KB	表示
XML形式データ	3g7g_validation.xml.gz	47.9 KB	表示
CIF形式データ	3g7g_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a44-1 3gqg-d 2aa1-d 1v4w-d 3c5o-d 4g51-d 2h8d-d 2r1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88000

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0311 protein CA_C3321

B: UPF0311 protein CA_C3321

D: UPF0311 protein CA_C3321

E: UPF0311 protein CA_C3321

C: UPF0311 protein CA_C3321

F: UPF0311 protein CA_C3321

G: UPF0311 protein CA_C3321

H: UPF0311 protein CA_C3321

144 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UPF0311 protein CA_C3321

B: UPF0311 protein CA_C3321

D: UPF0311 protein CA_C3321

E: UPF0311 protein CA_C3321

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UPF0311 protein CA_C3321

F: UPF0311 protein CA_C3321

G: UPF0311 protein CA_C3321

H: UPF0311 protein CA_C3321

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.048, 166.841, 66.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UPF0311 protein CA_C3321 分子量: 17941.586 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア) 株: DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: CA_C3321 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97DZ9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-tris, 0.2M NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→58.62 Å / Num. all: 82931 / Num. obs: 81173 / % possible obs: 97.88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 12.63
反射シェル	解像度: 1.99→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique all: 6459 / % possible all: 84.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.99→58.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 11.173 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.181
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2537	4251	5 %	RANDOM
R_work	0.19344	-	-	-
all	0.19649	81173	-	-
obs	0.19649	81173	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.322 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.02 Å²	0 Å²	2.04 Å²
2-	-	-1.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→58.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9298	0	0	506	9804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	9542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.968	12908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	16114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.971	5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.929	23.871	434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.819	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.701	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	7019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	4528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.276	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.483	1.5	7474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.408	1.5	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.836	2	9500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.107	3	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.301	4.5	3408

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	276	-
R_work	0.216	5168	-
obs	-	5444	84.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.94 Å / Origin y: 48.995 Å / Origin z: -33.084 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0413 Å²	0.0055 Å²	-0.0217 Å²	-	-0.0556 Å²	-0.004 Å²	-	-	-0.0329 Å²
L	0.0127 °²	0.0402 °²	-0.0428 °²	-	0.466 °²	-0.1953 °²	-	-	0.1822 °²
S	0.0137 Å °	-0.0103 Å °	0.0014 Å °	-0.0131 Å °	-0.0084 Å °	0.023 Å °	0.0019 Å °	0.0215 Å °	-0.0053 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	51 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	100 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	9 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	51 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	113 - 158
7	X-RAY DIFFRACTION	1	D	8 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	D	51 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	1	D	113 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	1	E	8 - 50
11	X-RAY DIFFRACTION	1	E	51 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	1	E	113 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	1	C	9 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	1	C	51 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	1	C	114 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	1	F	6 - 50
17	X-RAY DIFFRACTION	1	F	51 - 108
18	X-RAY DIFFRACTION	1	F	111 - 158
19	X-RAY DIFFRACTION	1	G	9 - 50
20	X-RAY DIFFRACTION	1	G	51 - 108
21	X-RAY DIFFRACTION	1	G	113 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	1	H	5 - 50
23	X-RAY DIFFRACTION	1	H	51 - 108
24	X-RAY DIFFRACTION	1	H	111 - 158

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)