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万見
- PDB-3g6s: Crystal structure of the endonuclease/exonuclease/phosphatase (BV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g6s
タイトルCrystal structure of the endonuclease/exonuclease/phosphatase (BVU_0621) from Bacteroides vulgatus. Northeast Structural Genomics Consortium Target BvR56D
要素Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / alpha-beta protein / endonuclease/exonuclease/phosphatase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Endonuclease / Exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
: / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the endonuclease/exonuclease/phosphatase (BVU_0621) from Bacteroides vulgatus.
著者: Forouhar, F. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8811
ポリマ－30,8811
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.601, 75.601, 66.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein


分子量: 30880.836 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-280 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Removal of the first N-terminal 21 amino acids and the terminating residue Phe281, and substitution of Met residues by Seleno-Met residues and addition of a C-tag (LEHHHHHH)
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus ATCC 8482 (バクテリア)
株: DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_0621 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: A6KY15
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM Sodium chloride, 5 mM DTT. Reservoir solution: 100 mM Bis-Tris propane pH 7.0, 30% PEG 8000, 60 mM Lithium sulfate, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97877 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97877 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 25328 / Num. obs: 25328 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 18.01
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Num. unique all: 2567 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 502662.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Program XtalView has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1018 4.8 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 25328 --
obs0.18 21393 84.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.3329 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.84 Å20 Å20 Å2
2---7.84 Å20 Å2
3---15.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 0 83 2182
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 51 3.7 %
Rwork0.204 1311 -
obs-1311 52.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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