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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g6k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Candida glabrata FMN Adenylyltransferase in complex with FAD and Inorganic Pyrophosphate | ||||||
![]() | FMN adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / FAD binding / FAD biosynthesis / alpha/beta protein / Rossmann-like fold / extended loop region | ||||||
機能・相同性 | ![]() FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huerta, C. / Machius, M. / Zhang, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of a eukaryotic FMN adenylyltransferase. 著者: Huerta, C. / Borek, D. / Machius, M. / Grishin, N.V. / Zhang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 683.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 564.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 127.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCDEF![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/BGC.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 35985.723 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: 糖 | ChemComp-BGC / | |
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-非ポリマー , 5種, 1899分子 ![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-POP / #3: 化合物 | ChemComp-FAD / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 22% (w/v) PEG MME 2000, 0.2 M Magnesium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.8, Temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97874 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 380943 / Num. obs: 380943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.077 / Χ2: 1.295 / Net I/σ(I): 35.939 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 37824 / Rsym value: 0.551 / Χ2: 0.731 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FWK 解像度: 1.35→32.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.36 Å2 / Biso mean: 18.537 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→32.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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