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- PDB-3g5t: Crystal structure of trans-aconitate 3-methyltransferase from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5t
タイトルCrystal structure of trans-aconitate 3-methyltransferase from yeast
要素Trans-aconitate 3-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Cytoplasm / Phosphoprotein / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-aconitate 3-methyltransferase / trans-aconitate 3-methyltransferase activity / cellular response to amino acid starvation / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / (2E)-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)but-2-enedioic acid / Trans-aconitate 3-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.119 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of trans-aconitate 3-methyltransferase from yeast
著者: Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-aconitate 3-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,20212
ポリマ－35,0551
非ポリマー1,14711
水9,404522
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.834, 91.891, 104.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Trans-aconitate 3-methyltransferase


分子量: 35054.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: P32643, S000000977, SYGP-ORF63, TAM1, TMT1, YER175C
プラスミド: pVP68K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 p(RARE2)
参照: UniProt: P32643, trans-aconitate 3-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 533分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-T8N / (2E)-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)but-2-enedioic acid / (E)-2-(メトキシカルボニルメチル)-2-ブテン二酸


分子量: 188.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O6
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (8 mg/ml MSE Protein, 0.040 M NaCl, 0.00024 M TCEP, 0.001 M SAM, 0.008 M Trans-aconitic acid, 0.0045 M HEPES pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (24% PEG ...詳細: Protein solution (8 mg/ml MSE Protein, 0.040 M NaCl, 0.00024 M TCEP, 0.001 M SAM, 0.008 M Trans-aconitic acid, 0.0045 M HEPES pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (24% PEG 8000, 2% DMSO, 0.05 M HEPES pH 7.5). Cryoprotected with 23% PEG 8000, 2% DMSO, 0.001 M SAM, 0.0085 M Trans-aconitate, 0.05 M HEPES pH 7.5, 19% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.119→50 Å / Num. obs: 134803 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 2.104 / Net I/σ(I): 32.628
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.119-1.166.50.3224.464105481.18177.3
1.16-1.218.30.316133411.2697.6
1.21-1.26100.302136511.36199.7
1.26-1.3311.90.287136921.52299.7
1.33-1.4113.40.274136961.627100
1.41-1.5214.40.233138001.852100
1.52-1.6714.60.174137952.141100
1.67-1.9214.70.138138842.237100
1.92-2.4114.80.098139943.05100
2.41-5014.30.075144023.2999.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 32.64 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_100696726755
ANO_10.5991.99675490
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_15.94-32.6400710347
ISO_14.24-5.94001377349
ISO_13.47-4.24001840363
ISO_13.01-3.47002202359
ISO_12.69-3.01002513354
ISO_12.46-2.69002777360
ISO_12.28-2.46003073365
ISO_12.13-2.28003297364
ISO_12.01-2.13003513358
ISO_11.91-2.01003713349
ISO_11.82-1.91003933366
ISO_11.74-1.82004085345
ISO_11.67-1.74004273360
ISO_11.61-1.67004443346
ISO_11.56-1.61004626347
ISO_11.51-1.56004711335
ISO_11.46-1.51004737315
ISO_11.42-1.46004698262
ISO_11.39-1.42004703268
ISO_11.35-1.39004448243
ANO_15.94-32.640.40937090
ANO_14.24-5.940.432.75213770
ANO_13.47-4.240.482.66718400
ANO_13.01-3.470.4642.91422020
ANO_12.69-3.010.4233.10225130
ANO_12.46-2.690.4233.1927770
ANO_12.28-2.460.453.08730730
ANO_12.13-2.280.4592.88632970
ANO_12.01-2.130.4932.67335130
ANO_11.91-2.010.5232.43237090
ANO_11.82-1.910.5542.22139250
ANO_11.74-1.820.6111.93140790
ANO_11.67-1.740.6491.74242370
ANO_11.61-1.670.6831.60543610
ANO_11.56-1.610.711.50544870
ANO_11.51-1.560.7461.33745800
ANO_11.46-1.510.7971.20845390
ANO_11.42-1.460.8770.92843830
ANO_11.39-1.420.8710.98941920
ANO_11.35-1.390.9070.91637560
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-5.481-86.919-6.032SE8.971.73
2-6.724-86.716-10.897SE10.871.33
3-6.467-5.149-43.014SE11.861.17
4-8.049-79.582-54.332SE9.320.92
5-3.112-4.127-12.842SE9.30.73
6-4.775-15.199-93.643SE12.810.5
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 57708
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.59-10072.20.822515
5.55-7.5962.50.886768
4.58-5.5555.20.931934
3.99-4.5858.60.921092
3.58-3.9958.40.9111217
3.28-3.5858.40.8991326
3.04-3.2861.30.8931451
2.85-3.0457.10.8941530
2.69-2.8556.10.911629
2.55-2.6956.10.9121724
2.44-2.5557.20.9061778
2.33-2.4456.20.9031875
2.24-2.3357.50.9121959
2.16-2.2457.60.9032009
2.09-2.1656.60.9022089
2.02-2.0958.30.9052135
1.96-2.0259.10.9012238
1.91-1.9658.10.9022270
1.86-1.9159.40.9042336
1.81-1.8658.10.8942401
1.77-1.8157.90.8982419
1.73-1.7759.10.8852558
1.69-1.7361.50.8932529
1.65-1.6961.10.8922613
1.62-1.6561.40.8812642
1.59-1.6263.50.8772690
1.56-1.5964.70.8642750
1.53-1.5666.20.8452750
1.5-1.5367.20.7833481

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.119→34.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.139 / WRfactor Rwork: 0.122 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 0 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.137 6751 5.019 %RANDOM
Rwork0.12 127751 --
obs0.121 134502 98.176 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.9 Å2 / Biso mean: 12.564 Å2 / Biso min: 4.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.161 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.142 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.119→34.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4891 0 75 541 5507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2621.9793710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8835296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0745311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67224.476143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73215543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.261517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2631.51546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1031.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.21222554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.45531221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8014.51155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.40235031
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.6443541
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.33834966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.119-1.1480.1584390.14679010.1471002983.1590.115
1.148-1.180.1434330.12189360.122974896.1120.096
1.18-1.2140.1294480.10989280.11947198.9970.087
1.214-1.2510.1224870.10387090.104925099.4160.085
1.251-1.2920.1174780.09684370.097895399.5760.08
1.292-1.3380.1194230.09382300.094869099.5740.078
1.338-1.3880.1214360.09279080.093838199.5590.081
1.388-1.4450.1113710.09276490.093806099.5040.082
1.445-1.5090.1013860.08973620.09778299.5630.083
1.509-1.5830.1143900.08970170.091742599.7580.085
1.583-1.6680.1183720.09266800.093706799.7880.089
1.668-1.7690.1133250.09763760.098670899.8960.1
1.769-1.8910.1193000.10660030.106630799.9370.113
1.891-2.0430.1232960.10756270.108592599.9660.117
2.043-2.2380.1312630.11251550.11354181000.127
2.238-2.5010.1372630.12346880.12349511000.145
2.501-2.8880.1422320.13641600.13643921000.164
2.888-3.5350.1682050.14335380.144374499.9730.181
3.535-4.9930.1441240.14228280.142295799.8310.195
4.993-34.470.264800.26816190.268174397.4760.367

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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