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万見
- PDB-3g5b: The structure of UNC5b cytoplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5b
タイトルThe structure of UNC5b cytoplasmic domain
要素Netrin receptor UNC5B
キーワードAPOPTOSIS / ZU5 / Death domain / UPA / Developmental protein / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin receptor activity / anterior/posterior axon guidance / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / axon guidance / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
UNC5B, death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Death domain profile. ...UNC5B, death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Death domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Netrin receptor UNC5B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, R. / Wei, Z. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Autoinhibition of UNC5b revealed by the cytoplasmic domain structure of the receptor
著者: Wang, R. / Wei, Z. / Jin, H. / Wu, H. / Yu, C. / Wen, W. / Chan, L.-N. / Wen, Z. / Zhang, M.
履歴
登録2009年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin receptor UNC5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8724
ポリマ－44,5871
非ポリマー2853
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.243, 62.710, 118.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Netrin receptor UNC5B / Protein unc-5 homolog B / Unc-5 homolog 2


分子量: 44586.750 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 541-945 / 変異: S542G, T744P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Unc5b / プラスミド: modified pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O08722
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4~0.5M Ammonium Phosphate, 0.1M MES Buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 25672 / Num. obs: 25672 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique all: 3572 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 95.8

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→27.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.206 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1293 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 25576 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.07 Å2 / Biso mean: 36.747 Å2 / Biso min: 16.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2991 0 15 226 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9774195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0995393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64824125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9115515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3571516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22063
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9821989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.03333109
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93241245
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.54661080
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 108 -
Rwork0.234 1666 -
all-1774 -
obs--94.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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