PDB-3g50: Crystal Structure of NiSOD D3A mutant at 1.9 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g50

タイトル

Crystal Structure of NiSOD D3A mutant at 1.9 A

要素

Superoxide dismutase [Ni]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nickel / Hexamer / Superoxide dismutase / NiSOD / SOD / Antioxidant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Garman, S.C. / Guce, A.I. / Herbst, R.W. / Bryngelson, P.A. / Cabelli, D.E. / Higgins, K.A. / Ryan, K.C. / Maroney, M.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Role of conserved tyrosine residues in NiSOD catalysis: a case of convergent evolution
著者: Herbst, R.W. / Guce, A. / Bryngelson, P.A. / Higgins, K.A. / Ryan, K.C. / Cabelli, D.E. / Garman, S.C. / Maroney, M.J.

履歴

登録	2009年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g50.cif.gz	86.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g50.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g50.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g50_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g50_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	3g50_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	3g50_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/3g50	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g4xC 3g4zC 1t6u C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1q0g-1 1q0f-1 1q0m-d 1q0f-2 1q0k-2 1q0d-1 1q0g-2 1q0k-1 1q0d-2 3g4z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

ヘテロ分子

39.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Ni]

B: Superoxide dismutase [Ni]

C: Superoxide dismutase [Ni]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.988, 112.274, 111.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-153- HOH
2	1	C-121- HOH
3	1	C-182- HOH

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Ni] / NiSOD / Nickel-containing superoxide dismutase 分子量: 13178.955 Da / 分子数: 3 / 断片: NiSOD (UNP residues 15 to 131) / 変異: D3A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: 2SC7G11.16c, SCO5254, sod1, sodN / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P80735, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG 550 MME, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH WITH ANOMALOUS / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→21.57 Å / Num. obs: 29881 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 41.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.929 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→21.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.493 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23986	1519	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18579	-	-	-
obs	0.18854	28277	99.5 %	-
all	-	29945	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.978 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→21.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2753	0	2	291	3046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.945	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.652	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.846	24.701	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.027	15	502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.921	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.977	1.5	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.717	2	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.778	3	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.568	4.5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	108	-
R_work	0.292	1990	-
obs	-	-	96.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3065	-2.2944	-2.8964	1.5926	2.0068	2.5717	0.0459	-0.1587	0.3548	-0.0031	0.1477	-0.2509	-0.0386	0.1305	-0.1936	0.0825	0.0492	-0.0246	0.0574	-0.0012	0.2727	-13.9398	21.0401	28.9185
2	1.6644	-0.5339	-0.0506	0.8542	0.0537	0.3175	0.0201	0.0428	0.1308	-0.0765	0.0088	-0.0306	-0.1192	0.0151	-0.0289	0.0503	-0.0058	0.011	0.0051	0.0046	0.0143	1.0432	24.3022	16.2586
3	0.7131	2.6481	1.2976	9.8514	4.8275	2.3657	0.0949	-0.0398	0.0599	0.4109	-0.1876	0.2132	0.2028	-0.0863	0.0927	0.0648	-0.0255	-0.0121	0.059	0.0018	0.0515	-16.9011	-4.6629	28.5532
4	1.318	0.7141	-0.5392	0.8044	-0.3243	0.9177	-0.0403	0.1058	-0.0337	-0.0814	0.0085	0.0415	0.0856	-0.0218	0.0318	0.0224	0.0046	-0.0035	0.0147	-0.0093	0.0107	1.0589	-7.5989	16.3177
5	0.0017	-0.0009	-0.0027	0.0007	0.0022	0.0081	-0.0187	-0.0054	0.0087	0.0143	0.0088	0.0016	0.0533	0.0124	0.01	0.356	0.0658	0.0268	0.1979	0.0326	0.2055	-2.5129	7.7102	46.6597
6	0.637	-0.1622	-0.4775	0.6094	0.3497	1.3846	0.0071	-0.0667	0.0225	0.0899	0.0034	-0.1002	0.0346	0.0967	-0.0105	0.0152	-0.0045	-0.0148	0.0196	0.0018	0.0186	15.971	8.5866	39.9301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	4 - 7
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	8 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	8 - 116

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