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- PDB-3g4x: Crystal Structure of NiSOD Y9F mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g4x
タイトルCrystal Structure of NiSOD Y9F mutant
要素Superoxide dismutase [Ni]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nickel / Hexamer / Superoxide dismutase / NiSOD / SOD / Antioxidant / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nickel-containing superoxide dismutase / Superoxide dismutase, Nickel-type / Nickel-containing superoxide dismutase superfamily / Nickel-containing superoxide dismutase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Superoxide dismutase [Ni]
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Garman, S.C. / Guce, A.I. / Herbst, R.W. / Bryngelson, P.A. / Cabelli, D.E. / Higgins, K.A. / Ryan, K.C. / Maroney, M.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Role of conserved tyrosine residues in NiSOD catalysis: a case of convergent evolution
著者: Herbst, R.W. / Guce, A. / Bryngelson, P.A. / Higgins, K.A. / Ryan, K.C. / Cabelli, D.E. / Garman, S.C. / Maroney, M.J.
履歴
登録2009年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_ins_code / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9039
ポリマ－39,6213
非ポリマー2826
水7,008389
1
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,80718
ポリマ－79,2426
非ポリマー56512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area14260 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.089, 112.568, 111.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-208-

HOH

21C-299-

HOH

31C-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Ni] / NiSOD / Nickel-containing superoxide dismutase


分子量: 13206.965 Da / 分子数: 3 / 断片: NiSOD (UNP residues 15 to 131) / 変異: Y9F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: 2SC7G11.16c, SCO5254, sod1, sodN / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: P80735, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 550 MME, CaCl2, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月5日
放射モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 25440 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 98.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T6U

1t6u


解像度: 2.01→20.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU B: 9.132 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23698 1300 5.1 %RANDOM
Rwork0.16817 ---
obs0.17169 24113 99.36 %-
all-25577 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→20.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 6 389 3182
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.943926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7595352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5624.892139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88115504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2971510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8271.51773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42322858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56831125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9684.51068
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.011→2.063 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 86 -
Rwork0.262 1709 -
obs--97.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6648-2.3041-4.00331.13831.97663.4384-0.1103-0.0517-0.02490.07070.05230.01080.10390.04070.0580.11430.0260.03530.06990.0130.1712-14.018320.925828.6046
21.4796-0.33050.01480.67420.03740.26420.0189-0.00160.059-0.11590.0227-0.0252-0.09640.0086-0.04160.0766-0.00420.04020.03280.0150.03691.012824.399616.2163
32.56491.043-0.62548.55714.4212.8403-0.20130.53710.65440.2851-0.03350.90390.2754-0.28940.23480.0748-0.0453-0.00630.14110.11220.2415-13.8784-3.916427.8616
41.37531.0482-0.92761.0003-0.49731.2129-0.08110.09360.0239-0.08890.0520.0430.1206-0.04680.02910.07410.00240.01680.0564-0.00140.01110.8616-8.030816.3168
55.7206-0.03681.10180.0018-0.07613.5409-0.2478-0.23140.0534-0.00460.0347-0.00620.1497-0.03860.21320.08960.00820.05320.0477-0.02130.0882-2.12337.984246.3197
60.4625-0.2078-0.56340.82290.35191.324-0.0061-0.0210.03230.11490.0074-0.12790.03110.0789-0.00130.0211-0.0024-0.02680.0589-0.00850.058316.17858.519539.8301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 7
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6C8 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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