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- PDB-3g4f: Crystal Structure of (+)- -Cadinene Synthase from Gossypium arbor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g4f
タイトルCrystal Structure of (+)- -Cadinene Synthase from Gossypium arboreum in complex with 2-fluorofarnesyl diphosphate
要素(+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
キーワードLYASE / Cyclase / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-delta-cadinene synthase / (+)-delta-cadinene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-FPF / (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
類似検索 - 構成要素
生物種Gossypium arboreum (キダチワタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Gennadios, H.A. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of (+)-delta-cadinene synthase from Gossypium arboreum and evolutionary divergence of metal binding motifs for catalysis.
著者: Gennadios, H.A. / Gonzalez, V. / Di Costanzo, L. / Li, A. / Yu, F. / Miller, D.J. / Allemann, R.K. / Christianson, D.W.
履歴
登録2009年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
B: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,53812
ポリマ－128,4352
非ポリマー1,10310
水3,171176
1
A: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8477
ポリマ－64,2181
非ポリマー6296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6915
ポリマ－64,2181
非ポリマー4734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.195, 158.195, 158.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1 / D-cadinene synthase XC1


分子量: 64217.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gossypium arboreum (キダチワタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39761, (+)-delta-cadinene synthase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-FPF / (2Z,6E)-2-fluoro-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-[(2Z,6E)-2-フルオロ-3,7,11-トリメチルドデカ-2,6,10-トリエニル]


分子量: 400.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H27FO7P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: crystals of unliganded DCS were gradually transferred to a stabilizing solution containing 100 mM Tris (pH 7.5), 200 mM Li2SO4, 17-19% PEG 4000, 2 mM 2F-FPP and allowed to soak for 16 hours. ...詳細: crystals of unliganded DCS were gradually transferred to a stabilizing solution containing 100 mM Tris (pH 7.5), 200 mM Li2SO4, 17-19% PEG 4000, 2 mM 2F-FPP and allowed to soak for 16 hours. Crystals were slowly cryoprotected with stabilizing solution containing 2 mM MnCl2 and 25% glycerol and then flash cooled with liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.651→50 Å / Num. obs: 38457 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.651→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The unliganded structure

解像度: 2.651→47.698 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 3013 7.83 %
Rwork0.2013 --
obs0.2064 38457 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.288 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→47.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8418 0 64 176 8658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34111718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3823178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061502
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.651-2.692100.28141723X-RAY DIFFRACTION99
2.6921-2.736200.26641716X-RAY DIFFRACTION100
2.7362-2.783400.27491724X-RAY DIFFRACTION100
2.7834-2.83400.26711740X-RAY DIFFRACTION100
2.834-2.88850.3382450.26111704X-RAY DIFFRACTION100
2.8885-2.94740.32931980.24551559X-RAY DIFFRACTION100
2.9474-3.01150.29731630.25741528X-RAY DIFFRACTION100
3.0115-3.08160.35441710.25641573X-RAY DIFFRACTION100
3.0816-3.15860.2941780.25181565X-RAY DIFFRACTION100
3.1586-3.2440.29761590.23841567X-RAY DIFFRACTION100
3.244-3.33940.34311630.23691604X-RAY DIFFRACTION100
3.3394-3.44720.30161430.21711561X-RAY DIFFRACTION100
3.4472-3.57040.26181740.20241583X-RAY DIFFRACTION100
3.5704-3.71330.24791770.1781556X-RAY DIFFRACTION100
3.7133-3.88220.21591710.19291596X-RAY DIFFRACTION100
3.8822-4.08680.23451750.17571559X-RAY DIFFRACTION100
4.0868-4.34260.23481790.17271567X-RAY DIFFRACTION100
4.3426-4.67770.23142060.15921571X-RAY DIFFRACTION100
4.6777-5.14790.23341840.16181576X-RAY DIFFRACTION100
5.1479-5.89160.26171750.18161610X-RAY DIFFRACTION100
5.8916-7.41840.28531750.19871601X-RAY DIFFRACTION100
7.4184-47.70620.19411770.15851661X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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