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- PDB-3g4d: Crystal Structure of (+)-delta-Cadinene Synthase from Gossypium a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g4d
タイトルCrystal Structure of (+)-delta-Cadinene Synthase from Gossypium arboreum and Evolutionary Divergence of Metal Binding Motifs for Catalysis
要素(+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
キーワードLYASE / cyclase / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-delta-cadinene synthase / (+)-delta-cadinene synthase activity / diterpenoid biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
類似検索 - 構成要素
生物種Gossypium arboreum (キダチワタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Gennadios, H.A. / Di Costanzo, L. / Miller, D.J. / Allemann, R.K. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of (+)-delta-cadinene synthase from Gossypium arboreum and evolutionary divergence of metal binding motifs for catalysis.
著者: Gennadios, H.A. / Gonzalez, V. / Di Costanzo, L. / Li, A. / Yu, F. / Miller, D.J. / Allemann, R.K. / Christianson, D.W.
履歴
登録2009年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
B: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,0389
ポリマ－128,4352
非ポリマー6037
水6,882382
1
A: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4524
ポリマ－64,2181
非ポリマー2343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5865
ポリマ－64,2181
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.195, 158.195, 158.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 (+)-delta-cadinene synthase isozyme XC1 / D-cadinene synthase XC1


分子量: 64217.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gossypium arboreum (キダチワタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39761, (+)-delta-cadinene synthase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: drop containing 5 L protein solution (10 mg/mL DCS, 20 mM Tris (pH 8.0), 2 mM MgCl2, 5 mM BME) and 5 L precipitant solution (100 mM Tris (pH 7.5), 200 mM Li2SO4, 15-17% polyethylene glycol ...詳細: drop containing 5 L protein solution (10 mg/mL DCS, 20 mM Tris (pH 8.0), 2 mM MgCl2, 5 mM BME) and 5 L precipitant solution (100 mM Tris (pH 7.5), 200 mM Li2SO4, 15-17% polyethylene glycol (PEG) 4000, 100 mM BaCl2 2H2O) was suspended over a reservoir of 600 L precipitant solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 51262 / Num. obs: 51262 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 / Num. unique all: 5144 / Rsym value: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Nicotiana tabacum 5-epi aristolochene synthase (PDB ENTRY 5EAT)

5eat


解像度: 2.403→47.698 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 2040 3.98 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1936 51193 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.95 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→47.698 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8395 0 36 382 8813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfond_distance0.005
X-RAY DIFFRACTIONfond_angle0.8
X-RAY DIFFRACTIONfihedral_angle16.9
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.403-2.45890.33691140.25593268X-RAY DIFFRACTION99
2.4589-2.52040.29341350.22143280X-RAY DIFFRACTION100
2.5204-2.58850.29211390.2083240X-RAY DIFFRACTION100
2.5885-2.66470.3131270.22813302X-RAY DIFFRACTION100
2.6647-2.75070.30011430.21633235X-RAY DIFFRACTION100
2.7507-2.8490.27531430.21023272X-RAY DIFFRACTION100
2.849-2.9630.2661370.21153260X-RAY DIFFRACTION100
2.963-3.09780.28211310.21643323X-RAY DIFFRACTION100
3.0978-3.26110.28761330.21643268X-RAY DIFFRACTION100
3.2611-3.46540.23751320.20263302X-RAY DIFFRACTION100
3.4654-3.73290.22241450.17473286X-RAY DIFFRACTION100
3.7329-4.10830.2041420.16343281X-RAY DIFFRACTION100
4.1083-4.70240.1721390.15973305X-RAY DIFFRACTION99
4.7024-5.92270.21771530.1713320X-RAY DIFFRACTION100
5.9227-47.7070.22681270.18573211X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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