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万見
- PDB-3g36: Crystal structure of the human DPY-30-like C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g36
タイトルCrystal structure of the human DPY-30-like C-terminal domain
要素Protein dpy-30 homolog
キーワードNUCLEAR PROTEIN / X-type four-helix bundle / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / endosomal transport / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / trans-Golgi network ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / endosomal transport / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / trans-Golgi network / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Sdc1/DPY30 / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / HEXANE-1,6-DIOL / Protein dpy-30 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Wang, X. / Lou, Z. / Bartlam, M. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of human DPY-30-like protein: A component of the histone methyltransferase complex
著者: Wang, X. / Lou, Z. / Dong, X. / Yang, W. / Peng, Y. / Yin, B. / Gong, Y. / Yuan, J. / Zhou, W. / Bartlam, M. / Peng, X. / Rao, Z.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / reflns_shell / struct_conn
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein dpy-30 homolog
B: Protein dpy-30 homolog
C: Protein dpy-30 homolog
D: Protein dpy-30 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8148
ポリマ－25,2334
非ポリマー5814
水6,503361
1
A: Protein dpy-30 homolog
C: Protein dpy-30 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0795
ポリマ－12,6162
非ポリマー4633
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
2
B: Protein dpy-30 homolog
D: Protein dpy-30 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7353
ポリマ－12,6162
非ポリマー1181
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.401, 51.388, 51.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Protein dpy-30 homolog / Dpy-30-like protein


分子量: 6308.166 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain, UNI residues 45-99 / 変異: L69M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPY-30-like / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9C005

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非ポリマー , 5種, 365分子

#2: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 28% PEG-MME 2000, 3% 1,6 hexanediol (additive), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 51431 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 79.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→43.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.682 / SU ML: 0.034 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2449 5 %RANDOM
Rwork0.195 46787 --
obs0.197 49236 76.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 398.02 Å2 / Biso mean: 17.958 Å2 / Biso min: 3.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20.09 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→43.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1624 0 32 361 2017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3532.0352285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1815201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44325.36269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65115293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.14158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0221224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63821688
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3333647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7814.5597
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 28 -
Rwork0.358 505 -
all-533 -
obs--11.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36170.0791-0.00310.1956-0.00940.0777-0.0161-0.00710.01230.00850.00870.0146-0.00970.00440.00740.00310.00010.00060.00120.00010.00545.096813.604616.7101
20.2060.0050.04090.05410.04550.1853-0.0054-0.00340.01010.00330.00070.0045-0.0051-0.00550.00460.00070.00040.00010.0003-0.00010.0008-3.252-1.168913.803
30.09380.0475-0.07590.2107-0.0120.1088-0.01080.00280.0196-0.03710.01250.0184-0.01770.0053-0.00170.0176-0.0052-0.01010.00160.00290.00883.177119.94189.5333
40.21260.1024-0.02490.10660.00190.1243-0.0002-0.0016-0.0121-0.00180.0006-0.01240.01170.0003-0.00050.0013-0.00010.00020.0001-0.00010.00152.8562-7.5069.3029
511.9787-15.5474-0.284423.41892.37891.25360.32680.1706-0.0553-0.1458-0.0717-0.3410.16530.089-0.2550.06210.0257-0.03640.0992-0.01670.05319.25854.045416.8801
658.4-3.4586-10.44178.238612.50919.46610.91670.74980.46940.1845-0.4079-0.31470.1892-0.6717-0.50880.0254-0.00050.00070.02680.01820.0157.47333.76927.0321
768.285647.2058-20.5042113.886257.80569.92211.1765-1.36452.69971.1165-1.22772.8442-0.09040.16820.05120.043-0.06470.05030.134-0.07230.13186.138111.44017.9435
80-0-0.00010.00010.00010.00020.00240.0023-0.0001-0.00490.00120.0006-0.0048-0.0064-0.00360.35370.002-0.04340.49760.25450.64851.81911.04765.6932
90.14750.11450.03650.24370.0370.11490.0003-0.00170.00380.00360.00590.0031-0.0010.0026-0.00620.00010.00010.00010.0004-0.00020.00062.26855.692713.186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2B46 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3C46 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4D46 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5D1
6X-RAY DIFFRACTION6A1
7X-RAY DIFFRACTION7A100
8X-RAY DIFFRACTION8C1
9X-RAY DIFFRACTION9A3 - 465
10X-RAY DIFFRACTION9C8 - 464
11X-RAY DIFFRACTION9B4 - 451
12X-RAY DIFFRACTION9D2 - 466

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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