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万見
- PDB-3g17: Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase from staphylo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g17
タイトルStructure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase from staphylococcus aureus
要素Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードstructural genomics / unknown function / Putative 2-dehydropantoate 2-reductase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pantothenate biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase from staphylococcus aureus
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
B: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
C: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
D: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
E: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
F: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
G: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
H: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,4888
ポリマ－267,4888
非ポリマー00
水7,134396
1
A: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
E: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8722
ポリマ－66,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
2
B: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
F: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8722
ポリマ－66,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
3
C: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
H: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8722
ポリマ－66,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
4
D: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase
G: Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8722
ポリマ－66,8722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.239, 99.640, 100.261
Angle α, β, γ (deg.)103.660, 105.230, 102.260
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細authors states biological unit is unknown

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要素

#1: タンパク質
Similar to 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量: 33435.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: SAV2600 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99R37, UniProt: A0A0H3K174*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris pH 6.5, 10% PEG 10K, 0.2M 0.1M Ammonium Acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 113899 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.197 / Net I/σ(I): 16.202
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3850.587113310.982197.8
2.38-2.4850.483112590.988197.8
2.48-2.5950.369113661.006198.1
2.59-2.7350.289113151.038198.2
2.73-2.950.207114151.111198.5
2.9-3.1250.146113871.198198.6
3.12-3.4450.105114051.286198.8
3.44-3.934.90.079114471.329199.1
3.93-4.954.80.066114761.35199.3
4.95-505.10.064114981.672199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.808 / SU B: 7.534 / SU ML: 0.185 / SU R Cruickshank DPI: 0.352 / SU Rfree: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 5744 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 113884 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.18 Å2 / Biso mean: 36.966 Å2 / Biso min: 14.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20.25 Å20.72 Å2
2--0.99 Å20.41 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18282 0 0 396 18678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02218674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.94225458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.89752288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.16224.434918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.132153083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.90515104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114205
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7141.511412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.378218583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03737262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3634.56873
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 404 -
Rwork0.252 7526 -
all-7930 -
obs--92.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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