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- PDB-3g0h: Human dead-box RNA helicase DDX19, in complex with an ATP-analogu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0h
タイトルHuman dead-box RNA helicase DDX19, in complex with an ATP-analogue and RNA
要素
  • 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase DDX19B
キーワードHYDROLASE/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / DBP5 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Helicase / Hydrolase / Membrane / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Protein transport / RNA-binding / Translocation / Transport / polyURACIL / HYDROLASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity ...poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / helicase activity / cytoplasmic stress granule / nuclear envelope / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2170 / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2170 / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helix non-globular / Special / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / RNA / ATP-dependent RNA helicase DDX19B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Karlberg, T. / Lehtio, L. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Karlberg, T. / Lehtio, L. / Collins, R. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Schuler, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The DEXD/H-box RNA Helicase DDX19 Is Regulated by an {alpha}-Helical Switch.
著者: Collins, R. / Karlberg, T. / Lehtio, L. / Schutz, P. / van den Berg, S. / Dahlgren, L.G. / Hammarstrom, M. / Weigelt, J. / Schuler, H.
履歴
登録2009年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX19B
E: 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7465
ポリマ－50,1232
非ポリマー6233
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.570, 81.080, 124.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX19B / DEAD box protein 19B / DEAD box RNA helicase DEAD5


分子量: 48025.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 54-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DBP5, DDX19, DDX19B / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold pRARE2
参照: UniProt: Q9UMR2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: RNA鎖 5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 14% PEGMME 2000, 0.25M trimethylamine n-oxide, 0.1 M Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEGMME 200011
2trimethylamine n-oxide11
3Tris11
4PEGMME 200012
5trimethylamine n-oxide12
6Tris12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日 / 詳細: monochromator crystals, Si(311) cut and Si(111)
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 12073 / Num. obs: 12073 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.189 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 880 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0053精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EWS

3ews


解像度: 2.7→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 28.618 / SU ML: 0.291 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2752 600 5 %RANDOM
Rwork0.21722 ---
all0.22014 11474 --
obs0.22014 11474 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3225 125 38 0 3388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1292.034693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81135761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0185407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5624.765149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.83315619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2381.52036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0361.5818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45623295
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.77631417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.414.51398
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 43 -
Rwork0.269 828 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67150.42932.0780.1950.54152.58770.3355-0.4694-0.1178-0.0607-0.12520.16510.4404-0.591-0.21040.6277-0.0975-0.17730.4910.12350.7228-8.7679-17.4388-39.8642
21.34390.1942-0.21771.3688-0.39951.5377-0.0443-0.2060.0020.0841-0.0665-0.0031-0.06080.02520.11080.00960.0091-0.00170.05670.00950.01393.5915-6.5332-10.8194
31.2336-0.3595-0.08882.8536-0.47141.858-0.0710.1004-0.0494-0.306-0.0359-0.02720.08210.04420.10690.0543-0.01370.0220.0408-0.0070.02477.8145-7.6288-37.4954
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3A298 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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